Ήδη από τις 20 Απριλίου 1941, μετά και την κατάρρευση του μετώπου στη δυτική Μακεδονία, διαφαινόταν πως οι προελαύνουσες γερμανικές δυνάμεις θα έφταναν γρήγορα στην Αθήνα. Οι καθηλωμένες και αποδεκατισμένες ιταλικές δυνάμεις στο αλβανικό μέτωπο δεν μπορούσαν να συνδράμουν τα πολιτικά σχέδια της Ρώμης για την υλοποίηση του σχεδίου δημιουργίας μιας Μεσογειακής αυτοκρατορίας, τη στιγμή που η Βέρμαχτ είχε την πρωτοβουλία των κινήσεων στο ελλαδικό χώρο. Η αβεβαιότητα και η ανησυχία των Ιταλών για τη διάδοχη πολιτική κατάσταση και την πιθανότητα το Βερολίνο να μη λάβει υπόψιν του τα ιταλικά συμφέροντα για την Ελλάδα έγινε μεγαλύτερη στις 21 Απριλιου 1941, οπότε και ο Γερμανός στρατάρχης φον Λίστ συμφώνησε με τον Γεώργιο Τσολάκογλου (Ρεντίνα Αγράφων, Απρίλιος 1886 – Αθήνα, 22 Μαΐου 1948) να μην επιτραπεί στις ιταλικές δυνάμεις να εισέλθουν στο έδαφος της Ελλάδας. Η Γερμανία προτίμησε αρχικά να ικανοποιήσει το ελληνικό αίτημα για τη μη εμπλοκή των Ιταλών στη συμφωνία παράδοσης, προκειμένου να αποφύγει την εκδήλωση πολιτικών και λαικών αντιδράσεων και να επιτύχει την απρόσκοπτη περάτωση των διαπραγματεύσεων. Το αποτέλεσμα των διαπραγματεύσεων και οι όροι της συνθηκολόγησης προκάλεσαν την άμεση πολιτική αντίδραση των Ιταλών, που έβλεπαν να εκτοπίζονται στην υπόθεση της Ελλάδας από τους Γερμανούς συμμάχους τους. Οι πιέσεις προς το Βερολίνο απέδωσαν και το δεύτερο έγγραφο της συνθηκολόγησης με τον Τσολάκογλου στις 23 Απριλίου 1941 υπογράφτηκε με την παρουσία και των Ιταλών, χωρίς, ωστόσο, να αναγνωρίζονται οι ιταλικές εδαφικές απαιτήσεις επί ελληνικού εδάφους.
Ο Μουσολίνι είχε προειδοποιήσει το Γερμανό ακόλουθο Ρίντελεν πως στην περίπτωση που οι Έλληνες δεν παραδίδονταν και στους Ιταλούς εκείνος δεν θα τηρούσε την κατάπαυση του πυρός, δηλαδή, δεν θα αναγνώριζε τη μονομερή συνθηκολόγηση του Τσολάκογλου στις Γερμανικές αρχές. Μπροστά στις ιταλικές απαιτήσεις ο Χίτλερ εμφανίστηκε διαλακτικότερος, χωρίς, όμως, να εγκαταλείπει την πολιτική που υποστήριζε την εδαφική ακεραιότητα των βαλκανικών κρατών. Η επικείμενη γερμανική εισβολή στη Σοβιετική Ένωση επέβαλε την όσο το δυνατόν ταχύτερη αποδέσμευση των γερμανικών δυνάμεων απο τα Βαλκάνια και την Ελλάδα, ώστε η διατήρηση της εδαφικής ακεραιότητας των κρατών αυτών με μια ντόπια κυβέρνηση ελεγχόμενη από το Βερολίνο να αποτελεί την ιδανικότερη πολιτική κατάσταση για την επίτευξη της γερμανικής απεμπλοκής. Στην περίπτωση της Ελλάδας ο Γεώργιος Τσολάκογλου εμφανιζόταν ως ο καταλληλότερος για τη διακυβέρνηση της χώρας, τη στιγμή που η νόμιμη κυβέρνηση Τσουδερού και ο Βασιλιάς εγκατέλειπαν την πρωτεύουσα για την Κρήτη. Τη νύχτα της 22ης προς 23η Μαΐου του 1941, λόγω της Γερμανικής εισβολής στην Κρήτη και της επικείμενης απόβασης στο νησί, η κυβέρνηση και ο βασιλιάς Γεώργιος έφυγαν από τις ακτές της Αγίας Ρούμελης στη νότια Κρήτη, επιβιβαζόμενοι στο βρετανικό αντιτορπιλικό «Decoy», με προορισμό το λιμάνι της Αλεξάνδρειας της Αιγύπτου.
Στις 28 Απριλίου 1941 οι γερμανικές δυνάμεις εισήλθαν στην Αθήνα. Μια μόλις ημέρα αργότερα οι γερμανικές αρχές συναινούσαν στο σχηματισμό κυβέρνησης με επικεφαλής τον στρατηγό Τσολάκογλου. Η σύνθεση της από πέντε στρατηγούς, έναν πλοίαρχο και τέσσερα άπειρα πολιτικά πρόσωπα αποτελούσε την εγγύηση ότι η νέα πολιτική εξουσία θα βρισκόταν υπό τις άμεσες διαταγές του Ράιχ. Ο κατοχικός πρωθυπουργός εξακολουθούσε να προειδοποιεί τους Γερμανούς πως η ιταλική παρουσία στην Ελλάδα ήταν όχι μόνο ανεπιθύμιτη στη κυβέρνηση, αλλά μπορούσε να προκαλέσει απρόβλεπτες λαικές αντιδράσεις. Στο ζήτημα αυτό ο Τσολάκογλου είχε την υποστήριξη προσώπων από το στρατόπεδο του κατακτητή για διαφορετικούς όμως λόγους. Ο επικεφαλής της γερμανικής διπλωματικής αντιπροσωπείας στη Ελλάδα Άλτενμπουρκ επιβεβαίωνε πως αν το Ράιχ υποχωρούσε στα αιτήματα της Ρώμης αυτό θα συνιστούσε “ηθική και πολιτική ήττα των Γερμανών”. Παρακάμπτοντας τις προειδοποιήσεις αυτές ο Χίτλερ πριν απο τη Μάχη της Κρήτης ανήγγειλε την πρόθεσή του να αφήσει τη στρατιωτική εποπτεία της χώρας στους Ιταλούς, προκειμένου να αποδεσμεύσει δυνάμεις για το ανατολικό μέτωπο. Το Μάιο οι ιταλικές δυνάμεις άρχισαν να προωθούνται στην ηπειρωτική χώρα. Οι ιταλικές αρχές κατοχής αναγνώρισαν την κυβέρνηση Τσολάκογλου και διαβεβαίωναν ότι θα ασκούσαν τα καθήκοντά τους σύμφωνα με τους ελληνικούς νόμους. Παρά το γεγονός ότι οι ιταλικές στρατιωτικές μονάδες αντικατέστησαν τους Γερμανούς στο μεγαλύτερο μέρος της χώρας, το Βερολίνο δε επέτρεψε να τεθεί ζήτημα προσάρτησης εδαφών, αν και οι Ιταλοί προσπάθησαν να θέσουν τέτοιο ζήτημα διορίζοντας πολίτη κυβερνήτη στα Ιόνια Νησιά και τη Σάμο. Ο Τσολάκογλου αποδέχτηκε το γεγονός ζητώντας απο τον ελληνικό λαό “όπως επιδείξη εγκάρδιαν και αξιοπρεπή στάση” έναντι του ιταλικού στρατού.
Οι Γερμανοί περιορίστηκαν στον στρατιωτικό έλεγχο του Πειραιά, της Κρήτης – ο νομός Λασιθίου πέρασε στον έλεγχο των Ιταλών–, των νησιών Λήμνος, Λέσβος και Χίος, της Θεσσαλονίκης και της μακεδονικής της ενδοχώρας, και μιας συνοριακής λωρίδας λίγων χιλιομέτρων με την Τουρκία στο νομό Έβρου. Το Μάιο του 1941 οι Γερμανοί ανέθεσαν στη σύμμαχό τους Βουλγαρία τον στρατιωτικό έλεγχο της ανατολικής Μακεδονίας και της δυτικής Θράκης. Στις αρχές Απριλίου 1941 ο Βούλγαρος Βασιλιάς Βόρις είχε απευθείας επαφές με το Χίτλερ στο Βερολίνο, ενώ ο υπουργός των Εξωτερικών Ποπώφ εξέφρασε την ελπίδα για νίκη του Άξονα στα Βαλκάνια, ώστε να λάβει η Βουλγαρία στην κατοχή της τα εδάφη στα οποία έχει βλέψεις. Μέχρι τις 22 Απριλίου 1941 τα βουλγαρικά στρατεύματα είχαν προωθηθεί μέχρι το Στρυμώνα, απειλώντας να εισβάλουν και σε εδάφη της ουδέτερης Τουρκίας στα ανατολικά. Μια τέτοια προοπτική εγκυμονούσε πολλούς κινδύνους για τα συμφέροντα της Γερμανίας στην περιοχή των Βαλκανίων και θα λειτουργούσε αποσταθεροποιητικά στα στρατηγικά της σχέδια στο ανατολικό μέτωπο, στη περίπτωση που η Τουρκία συμμαχούσε με την Αγγλία.
Από τη μεριά της η Τουρκία προετοιμαζόταν στρατιωτικά για κάθε ενδεχόμενο, χωρίς να εγκαταλείπεται η πολιτική των ίσων αποστάσεων απέναντι στις εμπλεκόμενες στον πόλεμο δυνάμεις. Η Γερμανία έσπευσε να διασκεδάσει τους τουρκικούς φόβους με την υπογραφή στις 18 Ιουνίου 1941 συμφώνου φιλίας μεταξύ των δύο χωρών στην Άγκυρα. Το Βερολίνο με την πολιτική του εμφανιζόταν ως η μόνη ευρωπαική δύναμη που υποστήριζε ανιδιοτελώς τα συμφέροντα της Τουρκίας, ενώ οι γερμανικές εφημερίδες μιλούσαν για την πολιτική της αυταπάτης του Λονδίνου. Προκειμένου να προληφθούν τυχόν δυσάρεστες καταστάσεις οι γερμανικές αρχές κατοχής έκριναν αναγκαία την παρεμβολή στρατιωτικών δυνάμεών τους μεταξύ των βουλγαρικών δυνάμεων κατοχής της δυτικής Θράκης και την Τουρκιά.
Ήδη οι προθέσεις της Βουλγαρίας είχαν διαφανεί στην περίπτωση της Ελλάδας˙ οι ελληνικές περιοχές που ανήκαν στη σφαίρα επιρροής του βουλγαρικού στρατού κατοχής είχαν μετατραπεί σε τμήμα του βουλγαρικού κράτους. Πάνω από 100.000 Έλληνες πρόσφυγες αναγκάστηκαν να καταφύγουν δυτικά απο τη βουλγαρική ζώνη, γνωρίζοντας τη σκληρότητα του βουλγαρικού κατοχικού στρατού. Οι γερμανικές πιέσεις προς τη Βουλγαρία για την αποτροπή της υλοποίησης των επεκτατικών σχεδίων της προς την Τουρκία ανάγκασαν τον πρωθυπουργό της Φίλωφ να συμμορφωθεί με τις υποδείξεις του Βερολίνου. Τον Οκτώβριο του 1941 οι βουλγαροτουρκικές σχέσεις εμφανίζονταν ομαλοποιημένες.
Συνολικά οι γερμανικές δυνάμεις κατοχής ανέρχονταν σε 100-120.000 άνδρες και οι ιταλικές σε 140.000. Οι κατακτητές, και ιδίως οι Γερμανοί και οι Βούλγαροι, δαπανούσαν για την συντήρησή τους πόρους της χώρας. Συγχρόνως η Ελλάδα αναγκάστηκε να καταβάλει στις δυνάμεις κατοχής μεγάλα χρηματικά ποσά για τα έξοδα συντήρησής τους. Οι Γερμανοί δέσμευσαν όλα τα αγαθά, τον φυσικό πλούτο και την παραγωγή. Οι ελεύθερες ζώνες, τα τελωνεία, οι γενικές αποθήκες, οι αποθήκες συγκέντρωσης προϊόντων, τα εμπορικά βιομηχανικά αποθέματα λεηλατήθηκαν για τις ανάγκες των στρατευμάτων κατοχής ή και για να σταλούν πολύτιμα φορτία στη Γερμανία και στην Ιταλία. Ακόμη και τα λαχανικά δεσμεύονταν για λογαριασμό των στρατευμάτων κατοχής και έτσι, από την πρώτη στιγμή, η προμήθεια τροφίμων και όλων των αναγκαίων έγινε προβληματική για τον ελληνικό πληθυσμό. Οι συνέπειες του υποσιτισμού ήδη από το καλοκαίρι του 1941 θα φανούν με τραγικό τρόπο το χειμώνα τους 1941-42 κυρίως στα αστικά κέντρα.
