Το Μοναστήρι, το οποίο φέτος εορτάζει στις 7 και 8 Ιουνίου, είναι ένα από τα πιο ιστορικά της Κρήτης.
Πιθανόν ιδρύθηκε κατά τον 12ο αιώνα και σίγουρα στο τέλος της Ενετοκρατίας ήταν αυτόνομο και σε άνθιση. Στις 15 Ιουνίου 1821 οι Αμπαδιώτες Τούρκοι έσφαξαν τους μοναχούς και πυρπόλησαν το μοναστήρι. Σήμερα, έχουν βρεθεί τα οστά των Μαρτύρων και φυλάσσονται στο Καθολικό.
Το μοναστήρι έγινε μετόχι της Ιεράς Μονής Πρέβελη και το 1836 έγινε σπουδαίο κέντρο γραμμάτων, καθώς ιδρύθηκε η Σχολή του Αγίου Πνεύματος από τον επίσκοπο Λάμπης Νικόδημο Σουμπασάκη. Η σχολή έγινε πολύ γνωστή σε όλη την Κρήτη και την Γαύδο, με χιλιάδες Κρητικόπουλα να σπουδάζουν από όλο το νησί.
Σήμερα στο μοναστήρι υπάρχει μνημείο προς τιμήν των 200 αγωνιστών του Δημητρίου Πετροπουλάκη που σκοτώθηκαν σε μάχη με τους Τούρκους στις 5 Δεκεμβρίου 1868. Το μοναστήρι έχει αναστηλωθεί και είναι και πάλι σε λειτουργία. Σώζεται το υπερυψωμένο δίκλιτο καθολικό και η ανατολική πτέρυγα με κτίσματα του 19ου αιώνα. Στο προαύλιο υπάρχει η προτομή του Μητροπολίτη Ευμένιου Ξηρουδάκη (1850-1920) που ήταν ανακαινιστής και δάσκαλος της σχολής του Αγίου Πνεύματος.
Τα τελευταία χρόνια βρίσκεται σε κανονική λειτουργία και πολλά έργα αναστύλωσης και εξωραϊσμού βρίσκονται σε εξέλιξη χάρις στον άξιο και δραστήριο Ηγούμενο Βαρθολομαίο Ξερουδάκη.
