Από το 1897 έως το 1909 Ρώσοι στρατιώτες και αξιωματικοί ήταν μέρος της διεθνούς δύναμης που στάλθηκε στην Κρήτη για να διατηρήσει την τάξη μετά τις συγκρούσεις με την Οθωμανική Αυτοκρατορία. Η ρωσική διοίκηση (1898-1899) ήταν μία κατοχική διοίκηση στηριγμένη σε ένα πολύπλοκο γραφειοκρατικό σύστημα -κατ’ εικόνα και ομοίωσιν της τσαρικής εξουσίας- και στη στρατιωτική κατοχή. Η απόπειρα ελέγχου της κοινωνίας των όπλων δια του αφοπλισμού και του ελέγχου της εισαγωγής όπλων δεν απέδωσε τα αναμενόμενα, αυτό, όμως, δε στάθηκε εμπόδιο στο στήσιμο μιας κεντρικά διευθυνόμενης διαχείρισης των πηγών πλουτισμού. Η ρωσική διοίκηση επιβλήθηκε πάνω στις παραγωγικές δυνάμεις του νομού, οικειοποιήθηκε δημόσιο χρήμα και επέβαλε στην «επίσημη» αγορά τους δικούς της κανόνες. Η δημοσιονομική της πολιτική στηρίχτηκε εξολοκλήρου σ’ έναν τεράστιο φορολογικό μηχανισμό από τον οποίο αντλούσε και τους αναγκαίους για την συντήρησή της πόρους. Στον επί της αγροτικής παραγωγής φόρο της δεκάτης προστέθηκαν καινούργιοι φόροι και δασμοί, όπως για παράδειγμα ο πρόσθετος φόρος εισαγόμενου καπνού, ο πρόσθετος φόρος 3%, ο πρόσθετος φόρος άλατος, τα λιμενικά δικαιώματα, οι τελωνειακοί δασμοί εξαγωγής και εισαγωγής, τα κέρδη από τη νομισματική διαφορά και ο φόρος επί του χαρτοσήμου.[1] Τα έσοδα της διοίκησης σε ρευστό χρήμα ήταν εντυπωσιακάú το διάστημα 22 Αυγούστου μέχρι τέλους Νοεμβρίου 1898 εισπράχτηκαν 411,875 γρ., το Φεβρουάριο του 1899 174,19715  γρ., το Μάρτιο του 1899 185,32730, τον Απρίλιο 188,971 και τον Ιούλιο 111,590 γρόσια.

      Τη μεγαλύτερη σε χρήμα απόδοση απέφερε η τελωνειακή νομοθεσία.       Υπήρχαν τελωνειακοί δασμοί εισαγωγής και εξαγωγής, καθώς και ένας πρόσθετος φόρος 3% για προϊόντα που εισάγονταν από την Ευρώπη (συμπεριλαμβάνεται και το ελληνικό Βασίλειο). Το εντυπωσιακό της υπόθεσης ήταν ότι ο μουσουλμανικός πληθυσμός έπρεπε και αυτός να καταβάλλει δασμό εισαγωγής προϊόντων από τον οθωμανικό χώρο μετά την 11^η Μαΐου 1899 καθώς και τον πρόσθετο φόρο 3%.[2] Με τα χρηματικά αποθέματα η ρωσική διοίκηση κάλυπτε άνετα τις μισθολογικές ανάγκες των υπαλλήλων της, χριστιανών στην πλειοψηφία τους, τα έξοδα της πολιτικοστρατιωτικής οργάνωσης του τόπου, τα έξοδα διαμονής του ρωσικού αυτοκρατορικού στρατού και τη μισθοδοσία της «χωροφυλακής πόλεως» και της «εξωτερικής χωροφυλακής».[3] Η χωροφυλακή πέρα από τη διατήρηση της «τάξεως και ησυχίας»[4], επωμίσθηκε και την πάταξη του λαθρεμπορίου μάλλον με επιτυχία.[5] Τα δίκτυα της «μη επίσημης» αγοράς, αυτά που περιόριζαν τις σε χρήμα αποδόσεις, ενδεχομένως, να λειτούργησαν σε μικρό αριθμό συναλλαγών. Αυτό, όμως, δεν επέδρασε αρνητικά στις σταθερές αποδόσεις του φόρου της δεκάτης. Σε αυτό συνέβαλε και η επάρκεια των διαθέσιμων κεφαλαίων την περίοδο 1898-1899, κυρίως λόγω της ομαλοποίησης των συνθηκών στη ρεθυμνιώτικη ύπαιθρο και της επιστροφής πλούσιων χριστιανών στις εστίες τους.

      Οι πρώτοι που επωφελήθηκαν από τους μηχανισμούς διοίκησης ήταν, φυσικά, οι ίδιοι οι δημιουργοί ή καλύτερα οι ρυθμιστές του διοικητικού μηχανισμού. Η «ημερησία διάταξις» της 11^ης Μαΐου 1899 ανέφερε: «να εγγραφώσιν έξοδα γρ. 1,89910 και να δοθώσιν επί αποδείξει εις τον κ.Π.Τριβουλίδην προμηθευτήν του αυτοκρατορικού ρωσικού στρατού διά δασμόν εισαγωγής εισπραχθέντα επί τροφίμων εισαχθέντων κατά το μήνα Απρίλιο ήτοι από τελωνιακόν δασμόν γρ. 1,34030 + πρόσθετον φόρον 3% 55820, το όλον γρ. 1,89910». Στις 14 Απριλίου 1899 το ποσό που δόθηκε για την τροφοδοσία σε τρόφιμα του ρωσικού στρατού ανήλθε στα 4,62325 γρόσια.[6] Η συντήρηση των επισιτιστικών δικτύων, που αφορούσε την πληρωμή εμπόρων επιφορτισμένων με την μεταφορά των τροφίμων από περιοχές εντός ή εκτός νομού, γινόταν με έξοδα του φόρου της δεκάτης τη στιγμή που διέθεταν μεγάλα χρηματικά αποθέματα σε θησαυροφυλάκιο στη Λέσχη Αξιωματικών. Η πολιτική των φυλετικών διακρίσεων και της παρουσίας της Ρωσίας στο Ρέθυμνο ως προστάτιδας δύναμης της Ορθοδοξίας αποτυπωνόταν και στο υπέρογκο ποσό της αμοιβής του επισκόπου Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου Διονυσίου Καστρινογιαννάκη (1896-1910) που έφτανε τα 2,666 γρόσια το μήνα.[7]

      Η πολιτική παρουσία των Ρώσων αξιωματικών του αυτοκρατορικού στρατού υπήρξε και ταξικά προσδιορισμένη. Γύρω τους συγκεντρώθηκαν οι κυριότεροι εκπρόσωποι της ρεθυμνιώτικης αστικής τάξης, είτε ως διοικητικοί υπάλληλοι της ρωσικής διοίκησης, είτε ως το αναγκαίο και αποδεκτό υπόβαθρο της διοίκησης και των δικτύων των εμπορικών δραστηριοτήτων και ανταλλαγών. Η ευημερία των πρώτων θα ήταν συγκυριακή αν δεν συνοδευόταν από την ανάληψη επενδυτικών πρωτοβουλιών κυρίως στον τομέα του εμπορίου και την αγορά(ή καταπάτηση)  μουσουλμανικής γης. Στην προσπάθειά τους βρήκαν πολύτιμους συμπαραστάτες τους εδώ εκπροσώπους της Ρωσίας που βοήθησαν στις μεταβιβάσεις των μουσουλμανικών περιουσιών και στην επιλεκτική δανειοδότησή τους από το Κοινωφελές Ταμείο σε βάρος του αγροτικού πληθυσμού. Οι δεύτεροι αποτελούν μία ολιγαρχική τάξη που ήλεγχε τον μεγαλύτερο όγκο της αγροτικής και αποτελούσε τον αποκλειστικό του εκ των πραγμάτων περιορισμένου μη αγροτικού προϊόντος. Η παρουσία των Ρώσων μεγέθυνε την τοπική αγορά (π.χ. της υποδηματοποιίας), αλλά και άνοιγε νέα επενδυτικά πεδία για τους ρεθυμνιώτες παραγωγούς και εμπόρους. Με τη δημοσίευση στις 19.8.1902 διατάγματος του Αρμοστή μπορούσαν τα κρητικά δέρματα να εξάγονται στη Ρωσία εφόσον συνοδεύονταν από πιστοποιητικά του Ρωσικού Προξενείου.

       Οι πιο πλούσιοι εκπρόσωποι της αστικής τάξης στηρίχθηκαν και άντλησαν την οικονομική και κοινωνική τους δύναμη και το τόσο αναγκαίο για την εποχή τους κύρος από την παρουσία της τσαρικής στρατιωτικής αριστοκρατίας. Τα ονόματά τους είναι ανιχνεύσιμα στη διοικητική γραφειοκρατία, στις μικρές βιοτεχνίες οικογενειακού τύπου, στο εμπόριο και σε άλλα αστικά επαγγέλματα ήταν μία μεταπρατική αστική τάξη που εκμεταλλεύτηκε τη συγκυρία -όντας η ίδια δημιούργημά της- χωρίς να καταφέρει, λόγω των κληροδοτημάτων της οθωμανικής περιόδου, της έλλειψης κεφαλαίων, των μη ευνοϊκών συνθηκών για τη διεξαγωγή του εμπορίου, του περιθωριακού γεωγραφικού προσδιορισμού σε σχέση με τα διεθνή εμπορικά δίκτυα και της έλλειψης του know-how, να αναπτύξει τον βιομηχανικό-βιοτεχνικό τομέα παραγωγής. Παρέμεινε μία αστική τάξη στηριγμένη στην παραδοσιακή οικονομία και στο αγροτικό προϊόν της υπαίθρου. Ο δομημένος χώρος της πόλης ανέπτυξε μία στενή σχέση με τον αγροτικό χώρο που συνεπαγόταν, αφενός ένα πυκνό δίκτυο συναλλαγών, αφετέρου μία αμφίδρομη πολιτισμική σχέση των δύο χώρων πόλης και υπαίθρου. Δεν ήταν τυχαίο που ο «προξενικός πράκτορας της αυτοκρατορικής Ρωσίας» Γεώργιος Ι. Χατζηγρηγόρης, ιατρός το επάγγελμα, είχε αναπτύξει έντονες εμπορικές δραστηριότητες και ήταν ένας από τους σημαντικότερους επενδυτές ακινήτων. Προχώρησε, μάλιστα, στην αγορά οικοπέδων και στο χτίσιμο αποθηκών στο Ατσιπόπουλο, περιοχή όπου παραγόταν μεγάλη ποσότητα βελανιδιών αναγκαίων για τη λειτουργία των ρεθυμνιώτικων βυρσοδεψείων και με περίοπτη θέση στον πίνακα των εξαγώγιμων προϊόντων.[8]  

Η διοίκηση με τα μεγάλα χρηματικά αποθέματα της φοροείσπραξης μπόρεσε να δείξει, αναμφίβολα, και ένα κοινωνικό πρόσωπο και αυτό ήταν αναγκαίο για το Ρώσο διοικητή προκειμένου να κερδίσει την τόσο αναγκαία για το στρατό κατοχής ευμενή διάθεση του χριστιανικού πληθυσμού της πόλης. Καταρχήν οι Ρώσοι μετέγραψαν στις οικιστικές δυνατότητες μιας οθωμανικής πόλης με έντονο βενετσιάνικο χαρακτήρα μία ευρωπαϊκού τύπου οργάνωση του δομημένου χώρου.[9] Οι παρεμβάσεις στην πολεοδομική μορφή ήταν περιορισμένες. Γκρέμισαν όπου μπόρεσαν και έκτισαν ό, τι μπόρεσαν. Το Ρέθυμνο, όμως, ουδέποτε απέκτησε έναν αστικά δομημένο χώρο όπως π.χ. το Ηράκλειο. Οι Ρώσοι φρόντισαν κυρίως για έργα υποδομής αναγκαία και για τη δική τους διαβίωση σε ένα περιβάλλον διαφορετικό από αυτό της ρωσικής αριστοκρατίας.[10] Λιθόστρωσαν τις κύριες οδούς της πόλης, επισκεύασαν τα γεφύρια, γκρέμισαν το Ν.Δ. τείχος της πόλης για καλύτερο αερισμό της καθώς και τα επιβλητικά κιόσκια της προκυμαίας, έφτιαξαν δημοτικό νοσοκομείο, ανακαίνισαν το Επισκοπείο, κατασκεύασαν το 1899 το κωδωνοστάσιο του καθεδρικού ναού -σύμβολο της ορθοδοξίας απέναντι στον οθωμανικό μιναρέ-, δημιούργησαν αποχετευτικό δίκτυο και αποχωρητήρια.[11] Η κοινωνική πολιτική τους επεκτάθηκε στην περιοδική στήριξη των πτωχών (στην απογραφή του 1900 αναφέρονται 525 εργάτες, 161 χωρίς επάγγελμα, 67 επαίται, αλήται, ιερόδουλοι)[12], στη χορήγηση βοηθήματος για τη συντήρηση των λεπρών[13] και στη διανομή ξυλείας για την επισκευή των κατεστραμμένων από τις επαναστατικές ταραχές οικιών.[14]

Στις 12 Ιουλίου 1899 ο Χιόστακ παρέδωσε τη διοίκηση του νομού  στον Αντώνιο Βορεάδη (1859- 1913) πρώτο νομάρχη Ρεθύμνης.^[15] Η μεγαλύτερη δύναμη του ρωσικού στρατού κατοχής αποχώρησε από το λιμάνι της πόλης και τη Σούδα με προορισμό την Οδησσό.