Ι. 1821-1830
Μετά το ξέσπασμα της επανάστασης στην κυρίως Ελλάδα σειρά είχε η Κρήτη. Η απόφαση πάρθηκε στις συσκέψεις που έγιναν στα Σφακιά στις 7 Απριλίου (Γλυκά Νερά) και 15 Απριλίου 1821 (Μοναστήρι της Παναγίας της Θυμιανής) και συμμετείχαν οπλαρχηγοί και πρόκριτοι από όλη σχεδόν την Κρήτη. Έγινε, τότε, προσπάθεια να αντιμετωπιστεί η έλλειψη όπλων και πλοίων με έκκληση στην Ύδρα για παροχή βοήθειας. Η επαναστατική διάθεση των Κρητών δεν υποχώρησε, ακόμα κι όταν οι επίσκοποι του νησιού διάβαζαν στις εκκλησίες τον αφορισμό του Πατριάρχη Γρηγορίου Ε' και συνιστούσαν ηρεμία στους κατοίκους. Η πρώτη περίοδος της επανάστασης στην Κρήτη θα διαρκούσε μέχρι το 1824.
Η πρώτη μεγάλη νίκη των επαναστατών σημειώθηκε στις 14 Ιουνίου 1821 στο Λούλο Χανίων, όπου εξοντώθηκε ένα σώμα γενιτσάρων από τα Χανιά και σκοτώθηκε ο αρχηγός τους Ταμπουρατζής, από τους Σφακιανούς οπλαρχηγούς Ιωάννη Χάλη, Ιωάννη Παπαδογεωργάκη, Παπανδρέα, Σήφακα και Βαρδουλομανούσο. Οι Τούρκοι απάντησαν με σφαγές αμάχων, λεηλασίες σπιτιών, μαγαζιών και εκκλησιών στα Χανιά. Οι σφαγές επεκτάθηκαν στο Ρέθυμνο και στις 23-24 Ιουνίου στο Μεγάλο Κάστρο (Ηράκλειο), όπου οι νεκροί έφτασαν τους 700, ανάμεσά τους ο Αρχιεπίσκοπος Κρήτης Γεράσιμος και οι επίσκοποι Κνωσσού, Χερρονήσου, Λάμπης και Σφακίων, Σητείας και Διοπόλεως. Στη Σητεία οι νεκροί ήταν 300.
Παρά την νίκη των Ελλήνων στις Αλιάκες (19 Αυγούστου 1821) οι Τούρκοι έφτασαν στα Σφακιά, νικώντας τους Σφακιανούς στο Ασκύφου (29 Αυγούστου 1821). Πολλά γυναικόπαιδα θανατώθηκαν και αιχμαλωτίσθηκαν και όσα μπόρεσαν κατέφυγαν στη Γαύδο. Παρά την νίκη τους οι Τούρκοι γνώριζαν ότι η επανάσταση δεν είχε κατασταλεί, αφού πολλοί πολεμιστές είχαν καταφύγει σε ορεινές περιοχές.
Ο Δ. Υψηλάντης όρισε τον Μιχαήλ Κομνηνό Αφεντούλιεφ ή Αφεντούλη γενικό αρχηγό της επανάστασης στην Κρήτη. Αυτός έφθασε στην Κρήτη στις 25 Οκτωβρίου 1821 με πολεμικό υλικό και τρόφιμα, όμως πολύ λίγα σε σχέση με όσα ήταν απαραίτητα για τον αγώνα, και επέλεξε ως έδρα της διοικήσεώς του το Λουτρό Σφακίων. Ο Αγώνας στην Κρήτη μπήκε σε κρίσιμη φάση, όταν ο Σουλτάνος ζήτησε τη βοήθεια του αντιβασιλιά της Αιγύπτου Μεχμέτ Αλή, για να καταπνίξει την επανάσταση στο νησί.
Το Φεβρουάριο του 1823 στο χωριό Μίλατο της επαρχίας Μιραμπέλλου 2.000 άμαχοι που είχαν καταφύγει σε μία σπηλιά, για να σωθούν από τους Τούρκους, εξοντώθηκαν. Στις 23 Απριλίου 1823 ο Εμμανουήλ Τομπάζης διορίστηκε Αρμοστής (διοικητής) της Κρήτης και έφτασε στο νησί στις 22 Μαΐου με ενισχύσεις, δηλαδή στόλο οκτώ πλοίων, 1.200 άνδρες, πυροβολικό (15 κανόνια) και χρήματα.
Στα μέσα Μαρτίου 1824 ο Χουσεΐν κινήθηκε προς τα Σφακιά, που αποτελούσαν το κέντρο της επανάστασης. Χωρίς ιδιαίτερη αντίσταση έφτασε στο λιμάνι του Λουτρού, όπου οι Έλληνες ανατίναξαν τις αποθήκες πολεμοφοδίων και τροφίμων, για να μην πέσουν στα χέρια του εχθρού. Η ενέργεια αυτή σταμάτησε για λίγο την προέλαση των Τούρκων και έτσι πολλοί Κρητικοί σώθηκαν είτε φεύγοντας με πλοία στην Γαύδο είτε βρίσκοντας καταφύγιο στα βουνά των Σφακίων.
Στις 12 Απριλίου 1824 ο διοικητής της Κρήτης Εμμανουήλ Τομπάζης αναχώρησε από το νησί, υποσχόμενος βοήθεια όταν επιστρέψει στην Ελλάδα. Η υποταγή της Κρήτης είχε συντελεστεί. Ο αγώνας εναντίον των Τουρκοαιγυπτίων συνεχίστηκε στα βουνά με σποραδικές ενέργειες ανταρτικών σωμάτων.
Η δεύτερη περίοδος της επανάστασης, η λεγόμενη της Γραμβούσας, θα ξεκινήσει στις 2 Αυγούστου 1825 με την κατάληψη της Γραμβούσας και θα διαρκέσει ως το 1830. Από το 1828 ως το τέλος αυτής της περιόδου, το δεύτερο φρούριο στα χέρια των επαναστατών θα είναι το Καστέλι της Κισάμου. Η Συνθήκη του Λονδίνου (6 Ιουλίου 1827) υπήρξε το έναυσμα για την αναζωπύρωση της επανάστασης στην Κρήτη. Νέα στρατεύματα μεταφέρθηκαν στη Γραμβούσα από την Πελοπόννησο. Μαζί με Κρητικούς που κατέφθασαν από νησιά του Αιγαίου πελάγους, η στρατιωτική δύναμη έφθασε τους 2.000 άνδρες περίπου. Η εκστρατεία ξεκίνησε στις ανατολικές επαρχίες και παρά τις αρχικές επιτυχίες, όπως την κατάληψη της Νεάπολης τον Νοέμβριο, εντέλει απέτυχε. Μετά από βαριά ήττα στα Μάλια της Πεδιάδας, οι επαναστάτες αποσύρθηκαν και πάλι στη Γραμβούσα.
Μετά την κατάληψη της Γραμβούσας συστάθηκε μια προσωρινή επιτροπή για τη διεύθυνση του Αγώνα και από τον Αύγουστο του 1827 συγκροτήθηκε το Κρητικό Συμβούλιο,όταν οι Κρητικοί υποπτεύτηκαν πως η Κρήτη ίσως δεν συμπεριληφθεί στο ελεύθερο ελληνικό κράτος με βάση τη Συνθήκη του Λονδίνου. Ο στόχος ήταν να απαρτιστεί με αντιπροσώπους από κάθε επαρχία της Κρήτης, 24 στο σύνολο, αλλά τον Ιανουάριο του 1828 είχε 13 μέλη: Βασίλειος Χάλης από την Επαρχίαν της Κυδωνίας (Μεγάλου Κάστρου), Μαρτινιανός Περάκης της Κισάμου, Παναγιώτης Ιωάννου του Σελίνου, Κ. Κριτοβουλίδης των Αποκορόνων, Άνθ. Ιωαννίδης των Χανίων, Ανδρέας Φασούλης των Σφακίων, Ν. Παππαδάκης του Ρεθύμνου, Δ. Βλαστός του Τεμένους, Ν. Λιμπρίτης της Γορτύνης, Δ. Στρατίδης του Καινουρίου, Ιωάννης Ξάνθης της Μιλετάξης, Θεοχάρης Αγαθάκης της Χερσοννήσου, Μανώλης Βουτζάκης της Γραμπούσης.
Η Κρήτη δεν περιλήφθηκε στα σύνορα του νέου ελληνικού κράτους που ιδρύθηκε με το Πρωτόκολλο του Λονδίνου (22/011/1830). Οι Κρητικοί με την προκήρυξη του "Κρητικού Συμβουλίου" στους Μαργαρίτες Μυλοποτάμου (12 Απριλίου 1830) εξέφρασαν την πικρία και τη αγανάκτησή τους για το γεγονός αυτό, στρεφόμενοι τόσο κατά του Καποδίστρια όσο και κατά των Μεγάλων Δυνάμεων. Ο αγώνας συνεχίστηκε αλλά η Επανάσταση σταμάτησε λόγω απαγόρευσης εφοδιασμού με όπλα από την ανεξάρτητη πλέον Ελλάδα και του αποκλεισμού του νησιού από τη Μεγάλη Βρετανία δια θαλάσσης.
ΙΙ. 1866-1869
Η έναρξη της επανάστασης κηρύχθηκε επίσημα στις 21 Αυγούστου 1866. Στις 8 Νοεμβρίου του ίδιου έτους, οθωμανικές δυνάμεις πολιόρκησαν τη Μονή Αρκαδίου, η οποία ήταν και το αρχηγείο των επαναστατών. Εκεί ο Πάνος Κορωναίος είχε εγκαταστήσει φρούραρχο τον ανθυπολοχαγό Ιωάννη Δημακόπουλο μαζί με τον ηγούμενο Γαβριήλ Μαρινάκη. Η πολιορκία τελείωσε με το ολοκαύτωμα του Αρκαδίου και την ήττα των επαναστατών.
Οι ωμότητες των Τούρκων στην Κρήτη ανάγκασαν τον σουλτάνο να μεταβάλει την πολιτική του στάση, καθ' ότι η δυσφορία της κοινής γνώμης διογκωνόταν. Έστειλε λοιπόν στην Κρήτη τον μεγάλο βεζίρη Ααλή Πασά, κομιστή διοικητικών παραχωρήσεων, που αποτέλεσαν τη βάση του λεγόμενου Οργανικού Νόμου του 1868. Επρόκειτο για ένα καθεστώς υποτυπώδους ημιαυτονομίας, και σύμφωνα με αυτό η Κρήτη θα αποτελούσε ένα βιλαέτι (διοικητική επαρχία) της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, διοικούμενο από το βαλή, που διοριζόταν από το σουλτάνο. Το νησί διαιρέθηκε σε πέντε διοικήσεις και είκοσι επαρχίες.
Στις 11 Δεκεμβρίου 1868 η Προσωρινή Κυβέρνηση πολιορκήθηκε στη Γωνιά Κισάμου. Τον Ιανουάριο του 1869 η ευρωπαϊκή διπλωματία είχε στραφεί υπέρ της Τουρκίας και οι Μεγάλες Δυνάμεις αποφάσισαν με τη Συνθήκη των Παρισίων (9/20 Ιανουαρίου) να απαγορευτεί στην Ελλάδα ο σχηματισμός εθελοντικών σχημάτων και ο εφοδιασμός των επαναστατών.
ΙΙΙ. 1889, 1895-1898
Το 1878 με τη Σύμβαση της Χαλέπας, ένα από τα πράγματα που πέτυχαν ήταν η δέσμευση του σουλτάνου ότι η Κρήτη θα αστυνομευόταν μόνο από Κρητικούς. Αποφασίστηκε μάλιστα η δημιουργία σώματος Χωροφυλακής μόνο από κατοίκους της Κρήτης, στο οποίο οι χριστιανοί θα μπορούσαν να γίνουν και αξιωματικοί.
Το 1889, καταργώντας το συγκεκριμένο άρθρο της σύμβασης, που όριζε ότι η Κρήτη θα αστυνομευόταν μόνο από Κρητικούς, ο σουλτάνος ανέθεσε στον συνταγματάρχη Ταξίν την αστυνόμευση της Κρήτης, θέτοντάς τον επικεφαλής σώματος 200 ανδρών που στρατολογήθηκαν στη Μακεδονία. Η επανάσταση του 1889 που ακολούθησε καταπνίγηκε μετά από ένα οκτάμηνο.
Το 1896, επειδή οι ταραχές συνεχίζονταν, ο σουλτάνος, κάτω από την πίεση των ξένων δυνάμεων, δέχθηκε τη δημιουργία και αποστολή στο νησί σώματος 100 Μαυροβούνιων χωροφυλάκων, με διοικητή τον Άγγλο ταγματάρχη Μπορ. Η ύπαιθρος ελεγχόταν από τους επαναστατημένους Κρητικούς ενώ οι πόλεις από τους Τούρκους. Οι μεγάλες δυνάμεις (Μεγάλη Βρετανία, Γαλλία, Αυστροουγγαρία, Ρωσία, Ιταλία, Γερμανία) έστειλαν στόλους στο νησί ώστε να ελέγξουν/βοηθήσουν την εκτόνωση της κατάστασης.
Στις 23 και 24 Ιανουαρίου του 1897 οι Τούρκοι βάζουν φωτιά στα Χανιά και σφάζουν τους χριστιανούς. Τότε εκατό περίπου επαναστάτες συγκεντρώθηκαν στο Ακρωτήρι αποφασισμένοι να διεκδικήσουν με κάθε μέσο την Ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα. Οι Μεγάλες Δυνάμεις ((Ιταλία, Γαλλία, Αυστρία, Γερμανία, Αγγλία και Ρωσία) δεν αποδέχονται το αίτημα των επαναστατών και αποφασίζουν τη διεθνή κατοχή των πόλεων Χανίων, Ρεθύμνου και Ηρακλείου. Η νέα αυτή εξέλιξη οδήγησε το βασιλιά Γεώργιο Α΄ και την κυβέρνηση Δεληγιάννη της Ελλάδας να επέμβουν άμεσα στέλνοντας στρατό στην Κρήτη. Εκστρατευτικό σώμα 1500 ανδρών μ’ επικεφαλής τον συνταγματάρχη Τιμολέοντα Βάσσο, αποβιβάστηκε την 3η Φεβρουαρίου 1897 στο Κολυμπάρι. Στο Ρέθυμνο και το Ηράκλειο στάλθηκαν εθελοντές και πολεμοφόδια. Ο Βάσσος ανακοινώνει την εντολή που έχει να καταλάβει το νησί στο όνομα του βασιλιά των Ελλήνων, ενώ οι Μεγάλες Δυνάμεις τον ειδοποιούν να μην πλησιάσει τα Χανιά σε ακτίνα μικρότερη των έξι χιλιομέτρων.
Τον Αύγουστο του 1898 οι Τούρκοι προχώρησαν σε άγριες σφαγές των χριστιανών στο Ηράκλειο, γεγονός που οδήγησε τους ξένους ναυάρχους στην απόφαση για την απομάκρυνση των Τούρκων. Η τουρκική χωροφυλακή αποχώρησε μαζί με τον τουρκικό στρατό, ενώ οι ναύαρχοι ανέλαβαν τη διοίκηση της Μεγαλονήσου. Στις 2 Νοεμβρίου 1898 και ο τελευταίος Τούρκος στρατιώτης εγκατέλειπε οριστικά την Κρήτη. Στις 5 Νοεμβρίου 1898 οι Κρήτες κατέθεσαν τα όπλα, υπακούοντας στην εντολή του Εκτελεστικού, για να διευκολυνθεί η ομαλή μεταβίβαση της εξουσίας στον εντολοδόχο των Μεγάλων Δυνάμεων πρίγκιπα Γεώργιο, ο οποίος έφτασε στην Κρήτη ένα μήνα αργότερα, στις 9 Δεκεμβρίου 1898. Στο διάστημα που μεσολάβησε έως την άφιξη του πρίγκιπα Γεωργίου η Μεγαλόνησος διοικείτο από τους διοικητές των διεθνών στρατευμάτων. Οι Άγγλοι διοικούσαν το νομό Ηρακλείου, οι Ρώσοι το νομό Ρεθύμνου, οι Γάλλοι το νομό Λασιθίου και οι Ιταλοί τους νομούς Χανίων και Σφακίων.
