Την 1η Δεκεμβρίου 1913 η Κρήτη ενώνεται επίσημα με τον υπόλοιπο εθνικό κορμό. Η εξέλιξη αυτή είχε ήδη δρομολογηθεί από τα προηγούμενα χρόνια και απέμενε η επικύρωση της de facto πράξης. Η αυγή της ελευθερίας για τον τόπο ήρθε στα τέλη του 19ου αιώνα, ώστε στην αρχή του επόμενου ένας άνεμος ελευθερίας να πνέει στο νησί σε όλη τη διάρκεια της ύπαρξης της Κρητικής Πολιτείας. Όπως και να γίνει κατά τη διάρκεια της Κρητικής Πολιτείας, μέσα από φόβους και αγωνίες, ελπίδες και προσδοκίες, διαφαινόταν πως  η μοίρα για το νησί δε θα μπορούσε να είναι άλλη παρά αυτή της ένωσης με την Ελλάδα. Στο μακρύ δέκατο ένατο αιώνα η Κρήτη δοκίμασε με πολλές Επαναστάσεις να γευτεί τον καρπό της ελευθερίας και την ίδια στιγμή της ένωσης με την Ελλάδα. Ποταμοί αιμάτων χύθηκαν, μα μέσα στις συγκυρίες η Κρήτη θα έπρεπε να περιμένει να δει στις αρχές του επόμενου αιώνα τα όνειρά της να γίνονται πραγματικότητα…

            Οι Μεγάλες Δυνάμεις, που πάντοτε ενδιαφέρονταν για την Κρήτη λόγω της στρατηγικής της σημασίας και από καιρό είχαν συγκεντρώσει τους στόλους τους γύρω από το νησί, αποφάσισαν με τη Συνθήκη του Βερολίνου το 1896 να προχωρήσουν σε οριστική λύση του Κρητικού ζητήματος, με τη διεθνή κατοχή του νησιού και την ανακήρυξή του σε αυτόνομη Πολιτεία. Στις 21 Ιανουαρίου 1897 ελληνικά στρατεύματα με δύναμη 1.500 αντρών και διοικητή τον υπασπιστή του βασιλιά Tιμολέοντα Bάσσο αποβιβάστηκαν εκεί για να την ελευθερώσουν και να την ενώσουν με την Ελλάδα. Οι Ευρωπαϊκές δυνάμεις όμως παρενέβησαν αποβιβάζοντας κι αυτές δυνάμεις για να σταματήσουν οι εχθροπραξίες. Στις 18 Φεβρουαρίου 1897 ο Ελληνικός στόλος αποσύρθηκε και ο Ελληνικός στρατός υποχώρησε στην ξηρά και κατευθύνθηκε βόρεια προς την Θεσσαλία και την Ήπειρο. Στις 20 Μαρτίου του ίδιου χρόνου οι Μεγάλες Δυνάμεις χώρισαν το νησί σε διεθνείς τομείς, ενώ τα Χανιά και η γύρω περιοχή της πρωτεύουσας του νησιού έγιναν πολυεθνικός τομέας. Οι Άγγλοι θα διοικούσαν το νομό Ηρακλείου, οι Ρώσοι το νόμο Ρεθύμνου, οι Γάλλοι το νομό Λασιθίου και οι Ιταλοί τους νομούς Χανίων και Σφακιών.

            Στις 9 Δεκεμβρίου 1898 έφτασε στη Σούδα και ανέλαβε τη διοίκηση της νεοσύστατης Αυτόνομης Κρητικής Πολιτείας, ως Ύπατος Αρμοστής, ο πρίγκιπας Γεώργιος της Ελλάδας. Η Κρητική Πολιτεία θα έχει δική της σημαία και νόμισμα - την Κρητική δραχμή - ιδρύεται η Τράπεζα Κρήτης, συντάσσεται το Σύνταγμα του Κρητικού Κράτους, γίνονται εκλογές για την ανάδειξη πληρεξουσίων, αρχίζει να εκδίδεται η Επίσημη Εφημερίδα της Κρητικής Πολιτείας και δημιουργείται η Κρητική Χωροφυλακή. Συγκροτείται το Συμβούλιο του Ηγεμόνα και συνιστώνται πέντε Ανώτερες Διευθύνσεις, αντίστοιχες με τα σημερινά Υπουργεία: Οικονομικών, Εσωτερικών, Δημοσίας Εκπαιδεύσεως και Θρησκευμάτων, Συγκοινωνιών και Ασφαλείας και Δικαιοσύνης (με Σύμβουλο-Υπουργό τον Ελευθέριο Βενιζέλο).

            Η Κρήτη αποτέλεσε αυτόνομο κομμάτι της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας κάτι που de facto ισοδυναμούσε με την πολιτική και οικονομική ανεξαρτησίας της.[1] Όμως το Κρητικό ζήτημα δεν είχε φτάσει ακόμη στη λύση του. Εκκρεμούσαν η πλήρης ανεξαρτησία, καθώς και η ταυτόχρονη ένωση του νησιού με την Ελλάδα. Άλλωστε οι ίδιοι οι Κρητικοί δέχονταν το καθεστώς της αυτονομίας εντελώς σαν μεταβατικό και απέβλεπαν, όπως πάντα, στην ένωση.  Η ενωτική ιδέα ήταν η κυρίαρχη ιδέα. Οι αδυναμίες της αρμοστειακής διακυβερνήσεως και η οξεία αντιπαράθεση μεταξύ του πρίγκιπα Γεώργιου και στον Ελευθέριο Βενιζέλο θα κορυφωθούν με το κίνημα του Θέρισου στις 10 Μαρτίου 1905. Ο συμβιβαστικός τερματισμός του ένοπλου αγώνα με την κάθοδο στο νησί διεθνούς εξεταστικής επιτροπής φαινόταν να ενισχύει τις θέσεις του Βενιζέλου έναντι της φιλοπριγκιπικής παράταξης. Ήταν πια σαφές πως καμία λύση δεν ήταν δυνατή εκτός από την ενωτική και πως η στάση του πρίγκιπα Γεωργίου απέκλειε την ομαλή διαρρύθμιση των εσωτερικών πολιτικών πραγμάτων της Κρητικής Πολιτείας.

            Μετά την παραίτηση του πρίγκιπα Γεωργίου στις 12 Σεπτεμβρίου 1906, τοποθετήθηκε στη θέση αυτή ο Αλέξανδρος Ζαΐμης, ενώ επετράπη Έλληνες αξιωματικοί και υπαξιωματικοί να αναλάβουν την οργάνωση της Κρητικής Χωροφυλακής. Ο νέος Ύπατος Αρμοστής προήγγειλε την εφαρμογή του κοινοβουλευτικού συστήματος. Στις 24 Ιουλίου 1908 σημαντικό τμήμα των ευρωπαϊκών στρατιωτικών δυνάμεων αποχώρησε από την Κρήτη, γεγονός που συνέβαλλε στην ολοκλήρωση της Αυτονομίας και καθιστούσε ευχερέστερη την επιβολή των θελήσεων του κρητικού λαού. Με αφορμή την προσάρτηση της Βοσνίας- Ερζεγοβίνης ξέσπασε στις 24 Σεπτεμβρίου 1908 Επανάσταση στο νησί. Χιλιάδες πολίτες των Χανίων και των γύρω περιοχών την ημέρα αυτή συγκρότησαν συλλαλητήριο, στο οποίο ο Βενιζέλος κήρυξε την οριστική ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα. Η ώρα, όμως, της ένωσης δεν είχε φθάσει ακόμη αφού οι προστάτιδες δυνάμεις ήθελαν τη διατήρηση της υφιστάμενης ισορροπίας, μετά και τις τουρκικές εκβιαστικές πιέσεις. Από αυτές δόθηκε εντολή να υποσταλούν όλες οι ελληνικές σημαίες που κυμάτιζαν σε δημόσια κτήρια και σε φρούρια στο νησί. Στις 18 Αυγούστου 1909 μικτό άγημα 250 ανδρών απέκοψε τον ιστό της σημαίας και στο φρούριο Φιρκά των Χανίων.

            Το Κρητικό ζήτημα για μία ακόμη φορά είχε συνδεθεί με το γενικότερο πρόβλημα της βαλκανικής και της ανατολικομεσογειακής ισορροπίας. Η οριστική λύση του Κρητικού ζητήματος δόθηκε στη διάρκεια των Βαλκανικών πολέμων, το Φεβρουάριο του 1913. Στις 14 του μηνός υπεστάλησαν από το φρούριο της Σούδας οι σημαίες των Μεγάλων Δυνάμεων και της Τουρκίας. Η οριστική αποκατάσταση του εθνικού θέματος για την Κρήτη ήλθε στα τέλη της άνοιξης με τη συμφωνία του Λονδίνου, την οποία επικύρωσαν την ίδια χρονιά οι συμφωνίες του Βουκουρεστίου, τον Αύγουστο, και της Αθήνας, τον Νοέμβριο. Με τη συνθήκη του Λονδίνου, το Μάιο του 1913, παραχωρήθηκε και επίσημα η Κρήτη στην Ελλάδα, σύμφωνα με το άρθρο 4 της συνθήκης. Η ένωση έγινε με επίσημη τελετή στο φρούριο Φιρκά την 1^η Δεκεμβρίου 1913, παρουσία του βασιλιά Κωνσταντίνου και του πρωθυπουργού της Ελλάδας Βενιζέλου.