Το τελευταίο φύλλο της εφημερίδας «Κρητική Επιθεώρησις» του Ρεθύμνου βγήκε από το τυπογραφείο στις 17 Μαΐου 1941, ημέρα Σάββατο. Ήταν η τελευταία φορά που το  αναγνωστικό κοινό ενημερωνόταν για θέματα της καθημερινότητας και για την επερχόμενη γερμανική επίθεση στο νησί, που δε θα αργούσε να εκδηλωθεί. Και αυτό το φύλλο δε θα μπορούσε παρά να έχει παρόμοιο περιεχόμενο με τα προηγούμενα φύλλα της εφημερίδας, ιδιαίτερα με αυτά που τυπώθηκαν μέσα στο μήνα Μάιο, πράγμα που μαρτυρεί την παγίωση των καταστάσεων. Κύριο μέλημα της εφημερίδας το μήνα αυτό υπήρξε η προετοιμασία της τοπικής κοινωνίας για πόλεμο, που συνεπαγόταν και την διά της πέννας εξυπηρέτηση δύο επιτακτικών αναγκών. Την ανάγκη συγκρότησης μιας ικανής αποτρεπτικής δύναμης απέναντι στην εκδήλωση της γερμανικής επίθεσης και την προώθηση των διοικητικών και οικονομικών λειτουργιών μιας κοινωνίας, που πριν ακόμη  εμφανιστεί ο εχθρός, είχε ήδη δεχτεί τις συνέπειες του πολέμου.

Αρκετό διάστημα πριν την έναρξη των πολεμικών επιχειρήσεων στο νησί έπρεπε να αναπροσαρμοστούν σε νέα δεδομένα οι οικονομικοπολιτικές λειτουργίες της τοπικής κοινωνίας, ώστε να αντιμετωπιστεί η απώλεια του εθνικού κέντρου της πρωτεύουσας στις 27 Απριλίου 1941. Την κυβέρνηση απασχολούσε αφενός το ζήτημα της αισχροκέρδειας «ήτις οργιάζει, κυριολεκτικώς, προπαντός εις τον αγροτικόν κόσμον», αφετέρου η προσπάθεια που έπρεπε να καταβληθεί σε λίγο χρόνο για την ακύρωση της ανασφάλειας του πληθυσμού και την ψυχολογική και όχι μόνο προετοιμασία του για πόλεμο. Ιδιαίτερα κατά τη διάρκεια του Μαΐου υπήρξε εμφανής η τακτική της εφημερίδας να εμψυχώνει μέσα από τις στήλες της τους κατοίκους στο άκουσμα της επικείμενης έναρξης των πολεμικών επιχειρήσεων.  Η τακτική αυτή αντανακλούσε ευρύτερα τις προσπάθειες των πολιτικών και στρατιωτικών αρχών προς την ίδια κατεύθυνση. Τρεις μόλις ημέρες πριν από την τελική αποκάλυψη του εχθρού οι κάτοικοι του Ρεθύμνου διάβαζαν στο τελευταίο αυτό φύλλο ότι «ουχί μόνον υπερηφάνειαν αισθανόμεθα, αλλά και αυταπάρνησιν και αυτοθυσίαν, καθήκον έχομεν  να επιδείξωμεν, γινόμενοι άξιοι της προσγενομένης εις την Κρήτην τιμής, εξ αυτής ο Βασιλεύς των Ελλήνων με Κρήτα πρωθυπουργόν και Κρήτας υπουργούς και άλλους Έλληνας να επιδιώξη μετ’ελπίδων τελικής νίκης την απελευθέρωσιν των υπό βαρύν ζυγόν στεναζόντων αδελφών Ελλήνων και όλου του κόσμου». Αλλά και ότι «η δημοσία τάξις και ασφάλεια ευτυχώς, ευρίσκεται ακόμη εις το επίπεδον της παγιώσεως, χάρις εις την άοκνον δραστηριότητα των αστυνομικών οργάνων». Η συμμετοχή του άμαχου πληθυσμού στα πεδία των μαχών απέδειξε πως οι προσπάθειες ψυχολογικής υποστήριξης είχαν τελεσφορήσει. Οι κάτοικοι του νησιού είχαν ακούσει την έκκληση του Προέδρου της Εθνικής Κυβερνήσεως Εμμανουήλ Τσουδερού της 14^ης Μαΐου «να αγωνισθώμεν παρακολουθούντες με ηρεμίαν και εμπιστοσύνην τα γεγονότα και με την βεβαιότητα ότι η νίκη και την φοράν αυτήν θα είναι δική μας».

            Στις 7 Απριλίου 1941 η Γενική Διοίκηση Κρήτης με έγγραφό της προς τους προϊσταμένους των δημοσίων πολιτικών υπηρεσιών των τεσσάρων νομών γνωστοποιούσε την εκδήλωση της γερμανικής επίθεσης στα βόρεια σύνορα της  Ελλάδας. Ο Γενικός Διοικητής Κρήτης Παναγιώτης Σφακιανάκης τους κάλεσε να συνεχίσουν απρόσκοπτα  τις εργασίες τους  και να δείξουν εμπιστοσύνη στις ένοπλες δυμάμεις της χώρας.[1] Με τις συστάσεις αυτές οι διοικητικοί μηχανισμοί του νησιού συνέχιζαν την ομαλή λειτουργία τους, όπως ακριβώς και στην πριν τον πόλεμο περίοδο. Το ενδεχόμενο, όμως, να μεταβληθεί η Κρήτη σε κέντρο των πολεμικών επιχειρήσεων ήταν μία κοντινή πραγματικότητα από τις αρχές Απριλίου και δικαιολογούσε τις ενστάσεις του τότε πρωθυπουργού Αλέξανδρου Κορυζή που έκρινε ως επικίνδυνο τόλμημα την μεταφορά της έδρας του κράτους και του Βασιλιά στο νησί σε περίπτωση ήττας του στρατού.[2] Όσο πλησίαζε το φάσμα της ήττας στα πεδία μαχών της ηπειρωτικής Ελλάδας η Κρήτη προκρινόταν ως το μέρος απ’ όπου θα προβαλλόταν η τελική αντίσταση στον εχθρό. Ήδη με τη μεταφορά του χρυσού στο Ηράκλειο είχε τονωθεί η πεποίθηση των κατοίκων ότι το νησί δεν θα εγκαταληφθεί.

            Στις 23 Απριλίου 1941 ο βασιλιάς  Γεώργιος ανακοίνωσε με διάγγελμά του την απόφαση μεταφοράς της πρωτεύουσας του κράτους στην Κρήτη και την από εκεί συνέχιση του αγώνα. Την ίδια ημέρα πρωθυπουργός και Βασιλιάς αναχωρούν για το νησί. Με την άφιξή του ο πρωθυπουργός άρχισε να εργάζεται για την αμυντική προπαρασκευή του νησιού, τόσο στο στρατιωτικό επίπεδο, όσο και στο πεδίο της κοινωνίας. Οι πρώτες εντυπώσεις του για την ετοιμότητα του νησιού ήταν απογοητευτικές.[3] Για την ανάκτηση του χαμένου εδάφους της αμυντικής προετοιμασίας ήταν αναγκαία η συνδρομή του πληθυσμού, καθώς και «η ψυχική ένωσις πάντων προς αντιμετώπισιν του κινδύνου της υποδουλώσεως». Για το σκοπό αυτό η νέα Εθνική Κυβέρνηση έπρεπε να κερδίσει την εμπιστοσύνη των κατοίκων, κυρίως αυτών που θα μπορούσαν να στηρίξουν τους κρατικούς μηχανισμούς μέσα στις νέες συνθήκες του πολέμου και της επερχόμενης απειλής. Μέσα στο πλαίσιο αυτό κυβέρνηση και βρετανική διοίκηση των στρατιωτικών δυνάμεων Κρήτης θα επιχειρούσαν την αμυντική προετοιμασία του νησιού που είχε, ήδη, απογυμνωθεί αμυντικά με την μεταφορά της 5^ης  Μεραρχίας στην ηπειρωτική Ελλάδα και την παραμέληση οργάνωσης παράκτιας άμυνας.

            Ο Τσουδερός στράφηκε αρχικά προς τον αστικό πληθυσμό του νησιού και ζήτησε την αναγκαία στήριξη για την εδραίωση και ομαλή λειτουργία των κρατικών μηχανισμών. Στις 25 Απριλίου ο πρωθυπουργός προσκάλεσε τους προέδρους των επαγγελματικών ,επιστημονικών,εργατικών και εμπορικών σωματείων Ηρακλείου και τους παρουσίασε το πώς διαμορφώνεται η νέα κατάσταση στο νησί. Στις 28 Απριλίου σειρά είχε η συνάντησή του με τις οργανώσεις του Ρεθύμνου κατά τη μετάβασή του προς τα Χανιά.[4] Το εργατοϋπαλληλικό κέντρο Χανίων με ψήφισμά του εξέφρασε την υποστήριξή του στην κυβέρνηση. Ακολούθησαν και άλλα παρόμοια ψηφίσματα στα υπόλοιπα αστικά κέντρα του νησιού. Με αυτές τις πράξεις διαφαινόταν ότι ο αστικός κόσμος κάτω από την πίεση των συνθηκών θα παρείχε στον Τσουδερό τη στήριξη που εκείνος επιθυμούσε, αλλά όχι χωρίς την ικανοποίηση κάποιων όρων. Η κυβέρνηση ανταποκρίθηκε θετικά. Σε διάστημα λίγων ημερών έγινε η αντικατάσταση των Νομαρχών της μεταξικής περιόδου, των διοικητών της Χωροφυλακής και του στρατού. Στις 11 Μαΐου  ο υποστράτηγος Αχιλλέας Σκουλάς (1887-1968) διορίστηκε Ανώτερος Στρατιωτικός Διοικητής Κρήτης στη θέση του Χρ. Κίτσου. Ήδη είχε απομακρυνθεί από τη θέση του ο Κ. Μανιαδάκης, το κενό του οποίου πλήρωσε ο Σ. Δημητρακάκης ως υφυπουργός Δημοσίας Ασφαλείας και Αγορανομίας. Στη Χωροφυλακή νέος διοικητής τοποθετήθηκε ο στρατηγός Ι. Βουράκης.[5]

            Οι αλλαγές αυτές στη σύνθεση της Εθνικής Κυβέρνησης και στους μηχανισμούς εξουσίας του νησιού κρίθηκαν απαραίτητες μετά την ολοκληρωτική κατάρρευση των κρατικών μηχανισμών στην ηπειρωτική Ελλάδα και τη δυσπιστία των πολιτών προς την πολιτική ηγεσία που απέτυχε στην αντίσταση κατά του εχθρού. Η ύστατη αντίσταση έπρεπε να γίνει με νέα πρόσωπα , ώστε η εμπιστοσύνη του λαού να ανακτηθεί εξαρχής. Οι συνθήκες που είχαν διαμορφωθεί στο νησί δεν επέτρεπαν την ομαλή λειτουργία των κρατικών μηχανισμών παρά τις αντίθετες προσπάθειες της κυβέρνησης να επαναφέρει την ομαλότητα. Στο όνομα της πολιτικής σταθεροποίησης  θα χορηγηθεί γενική αμνηστεία για πολιτικά αδικήματα που διαπράχθησαν κατά του μεταξικού καθεστώτος. Στις αντιδράσεις του Άγγλου πρεσβευτή Πάλαιρετ ο Τσουδερός απαντούσε: «Λόγω του ότι η Κρήτη εθεωρείτο ενάντια προς τας Δικτατορικάς Κυβερνήσεις, αι Αρχαί της Νήσου ήσαν προετοιμασμέναι διά εσωτερικήν πολιτικήν. Αυτό έγινεν αφορμή να διαμορφωθή ψυχική αντίθεσις μεταξύ του πληθυσμού και των Αρχών. Δικαιούμαι λοιπόν να ερωτήσω εάν θα έπρεπε να παραβλέψω αυτήν την κατάστασιν.Διά των μέτρων τα οποία έλαβα η ψυχολογία ήλλαξε και αυτό με ενισχύει τώρα εις την εθνικήν μου πολιτικήν».[6]

            Στο στρατιωτικό πεδίο επιχειρήθηκε, όπως ήταν αναμενόμενο, η ταχεία ανασύνταξη των στρατιωτικών ταγμάτων στους τρεις νομούς, Χανίων, Ρεθύμνου και Ηρακλείου. Η συνολική δύναμη των εμπέδων Ταγμάτων την 20η Μαΐου 1941 ανερχόταν  σε 1.900 οπλίτες και 70 αξιωματικούς με κύριο οπλισμό τυφέκια Γκρά, Μάλχινερ και Μάουζερ, 31 οπλοπολυβόλα και 8 πολυβόλα  συνολικά. Παράλληλα συγκροτήθηκαν 8 Συντάγματα Πεζικού με οπλίτες των κέντρων εκπαιδεύσεων της Πελοποννήσου, που είχαν αποβιβαστεί στο νησί στα τέλη Απριλίου, συνολικής δύναμης περίπου 800 οπλιτών και 222 Αξιωματικών.[7] Η κυβέρνηση έκρινε σκόπιμο να εκδόσει στις 9 Μαΐου τον αναγκαστικό νόμο «περί αποκαταστάσεως αξιωματικών και ανθυπασπιστών εξελθόντων του στρατεύματος διά λόγους πολιτικούς». Ήδη από τις 3 Μαΐου γινόταν διά του τύπου καθημερινή πρόσκληση των αποτάκτων του μεταξικού καθεστώτος να προσέλθουν με δική τους πρωτοβουλία στο στράτευμα. Στις 7 Μαΐου ο υφυπουργός Στυλιανός Δημητρακάκης ανακάλεσε όλες τις άδειες των αξιωματικών, που υποχρεώνονταν μέχρι τις 10 του μήνα να παρουσιαστούν στα φρουραρχεία των πόλεων.[8] Για την αντιμετώπιση των συνεπειών των αεροπορικών βομβαρδισμών η Διοίκηση Παθητικής Αεράμυνας ανακοίνωσε στις 30 Απριλίου την πρόσληψη 1.500 εθελοντών ηλικίας από 18 έως 21 ετών. Οι κατατασσόμενοι εθελοντές θα απολάμβαναν αποδοχές όμοιες με αυτές των μονίμων χωροφυλάκων και θα είχαν κοινό ιματισμό.  Η από την 29^η Απριλίου έναρξη των γερμανικών βομβαρδισμών των αστικών κέντρων, των αεροδρομίων και του λιμένα Σούδας υποχρέωσαν την κυβέρνηση να λάβει ιδιαίτερα μέτρα για την ασφάλεια των πληθυσμών. Με συχνές ανακοινώσεις γινόταν σύσταση για τη συσκότιση των οικιών και των καταστημάτων και για την ασφαλή μετάβαση των κατοίκων στα καταφύγεια και τα ορύγματα. Κατά τις ώρες του συναγερμού απαγορευόταν η κίνηση «παντός τροχοφόρου». Πολλοί ήταν εκείνοι που αγνοούσαν τις συστάσεις, παρά τον κίνδυνο παραπομπής τους σε στρατοδικείο. Από τις 7 Μαΐου και έπειτα η Στρατιωτική Διοίκηση έδωσε διαταγή για την αραίωση του πληθυσμού γύρω από τους στρατιωτικούς στόχους των πόλεων. Παρά την προετοιμασία των μηχανισμών άμυνας το συγκεχυμένο των πληροφοριών για τις εχθρικές κινήσεις, καθώς και η άγνοια για τη μορφή της επίθεσης και το χρόνο εκδήλωσής της, ενέτειναν το κλίμα ανασφάλειας μεταξύ του πληθυσμού, ιδιαίτερα όσων διέμεναν στα αστικά κέντρα. Πολλοί είχαν καταφύγει στην ύπαιθρο για προστασία.

            Η ανασφάλεια του αστικού πληθυσμού δεν είχε να κάνει μόνο με την εμφάνιση του εχθρού, αλλά και με τις δύσκολες συνθήκες της καθημερινότητας. Παρά τις διαβεβαιώσεις της κυβέρνησης για την σταθερότητα της δραχμής η πίστη στο εθνικό νόμισμα είχε κλονιστεί.[9] Η κατάρρευση των μηχανισμών του εμπορίου και της διακίνησης των αγαθών οδήγησε σε αποθησαυριστικές τάσεις χρήματος και εμπορεύματος. Μέσα σε λίγο χρόνο η εκτροπή και κατακράτηση της αγροτικής παραγωγής και των εμπορευμάτων είχαν προκαλέσει την δυσλειτουργία της αγοράς.[10] Η έλλειψη τροφίμων και εμπορευμάτων από την αγορά ήταν σύνηθες φαινόμενο, ενώ οι σε χρήμα απολαβές των αστικών πληθυσμών δεν επαρκούσαν για την αγορά των ανατιμημένων προϊόντων. Στο χρονικό αυτό διάστημα θα δημιουργηθούν τα πρώτα δίκτυα της «μαύρης αγοράς», που θα κυριαρχήσει στην κατοχική περίοδο. Η επισιτιστική επάρκεια των πόλεων στηρίχτηκε στις απευθείας συναλλαγές των προϊόντων με τις τιμές που όριζε η «μαύρη αγορά» και που υπερέβαιναν κατά πολύ τις αντίστοιχες κρατικές τιμές. Η παράκαμψη των επίσημων μηχανισμών εμπορίου έπληττε σε μια κρίσιμη περίοδο το κύρος της κυβέρνησης.

            Τα αρχικά μέτρα αντίδρασης για τη στήριξη των μηχανισμών αγοράς είχαν σχετική επιτυχία. Στις 30 Απριλίου οι διοικητές των Διοικήσεων με διαταγή τους ανάγκαζαν τους εμπόρους να δηλώσουν εντός 10 ημερών στις αστυνομικές αρχές το είδος και την ποσότητα των εμπορευμάτων τους. Τα καταστήματα έπρεπε να να παραμένουν ανοιχτά, ενώ η μεταφορά των εμπορευμάτων σε αποθήκες εκτός του καταστήματος απαγορεύτηκε. Πολλοί έμποροι ,όμως,παρέκαμπταν τις διαταγές και φυγάδευαν το εμπόρευμα,θέτοντάς το εκτός κυκλοφορίας. Η κίνηση της παραγωγής προς την αγορά ακολουθούσε την παράλληλη και ασφαλή για τους αγροτικούς πληθυσμούς οδό της «μαύρης αγοράς».  Παραμονές της Μάχης της Κρήτης και τα αποθέματα τροφίμων στα αστικά κέντρα είχαν περιοριστεί σημαντικά. Η τιμή της ζάχαρης ,για παράδειγμα,έφτασε τις 80 δραχμές η οκά, όσο θα κοστίζει και στα τέλη του 1941.[11] Το ίδιο θα συμβεί και σε άλλα προϊόντα. Η κυβέρνηση σε μία ύστατη προσπάθεια να χτυπήσει τις υπόγειες διαδρομές των αγαθών έκανε έκκληση στο πληθυσμό να καταγγέλλει κάθε αισχροκέρδεια. Η κεντρική διαχείριση των αποθεμάτων και η αναδιανομή τους με δελτίο συντηρούσε οριακά τους αστικούς πληθυσμούς. Με δελτίο γινόταν η διανομή του σιταριού, του ρυζιού, των φασολιών, της ζάχαρης και του άρτου.

            Η κυβέρνηση για να καθησυχάσει τον πληθυσμό διαβεβαίωνε για την άφιξη στο νησί οικονομικής ενίσχυσης από τη Βρεττανία. Ο υπουργός Εθνικής Πρόνοιας Θεολόγος Νικολούδης (Λέρος, 1890 - Αθήνα, 1946) ανακοίνωσε στις 8 Μαΐου τη διάθεση 18 εκατομμυρίων δραχμών μέσω της κοινωνικής πρόνοιας για την ανακούφιση του πληθυσμού. Μέρος των χρημάτων κατευθύνθηκε στην οργάνωση των συσσιτίων, ενώ ως εφεδρικά επιδόματα δόθηκαν στους δικαιούχους 12,8 εκατομμύρια δραχμές. Ιδιαίτερα προσεκτική ήταν η κυβέρνηση με εκείνους που το αποκλειστικό τους εισόδημα ήταν ο μισθός ή το ημερομίσθιο. Στις 8 Μαΐου δημοσιεύτηκε ο αναγκαστικός νόμος για της χορήγηση επιδόματος στους δημοσίους υπαλλήλους και στρατιωτικούς. Με το νόμο αυτό «χορηγείται από 1 Μαΐου 1941 και μέχρι λήξεως της εμπολέμου καταστάσεως της χώρας μηνιαίον επίδομα ίσον πρός το ήμισυ αρχικού μηνιαίου μισθού ή ημερομισθίου αυτών». Προφανώς η όποια αναπροσαρμογή του μισθού δεν έλυνε το επισιτιστικό πρόβλημα των πόλεων, επέτρεπε, όμως, στους κρατικούς μηχανισμούς να συνεχίσουν τη λειτουργία τους χωρίς την απώλεια στελεχών. Λίγες ημέρες αργότερα, στις 12 Μαΐου, ο Δημητρακάκης θα χειριστεί διαφορετική γλώσσα: «Πάσα χαλάρωσις των υπηρεσιών κατά την παρούσαν στιγμήν αποτελεί αυτόχρημα εγκατάλειψιν θέσεως ενώπιον του εχθρού ήν είμεθα διατεθειμένοι να πατάξωμεν αμειλίκτως».

            Η κυβέρνηση Τσουδερού αντιλαμβανόταν την κρισιμότητα των καταστάσεων. Για την πρόληψη ενδεχόμενης κοινωνικής αποσταθεροποίησης και για λόγους άμυνας ο ανώτερος στρατιωτικός διοικητής κήρυξε το νησί σε κατάσταση πολιορκίας στις 13 Μαΐου 1941.  Ο στρατιωτικός νόμος επέβαλε την απαγόρευση της κυκλοφορίας μετά τις 9μ.μ. για την ύπαιθρο και τις 10μ.μ. για τις πόλεις. Απαγόρευε τη μετακίνηση του πληθυσμού έξω από τα αστικά κέντρα, χωρίς την άδεια αστυνομικής αρχής και τη μετάβαση παντός ατόμου στη Σούδα, εξαιρουμένου μόνο του εκεί προσωπικού ασφαλείας. Από τις 4 Μαΐου είχε απαγορευτεί η κίνηση ατόμων στα λιμάνια και τις ακτές για το φόβο κατασκόπων ή ακόμη και τη διαφυγή προς τα κατεχόμενα εδάφη των στρατευσίμων. Η κοπή τηλεγραφικών γραμμών επέσειε την ποινή του θανάτου. Ενδεικτική τέλος της κλιμάκωσης της πολεμικής προετοιμασίας ήταν και η απαγόρευση χορήγησης οινοπνευματωδών στους οπλίτες. Την υπεράσπιση του νησιού θα αναλάμβανε δύναμη 42.000 περίπου στρατιωτών, από τους οποίους οι 28.000 ήταν Βρετανοί, Αυστραλοί και Νεοζηλανδοί στρατιώτες.

Σε μία ύστατη προσπάθεια εμψύχωσης του αστικού κόσμου η κυβέρνηση διαβεβαίωνε ότι «ο επισιτισμός της νήσου είναι εξησφαλισμένος». Την πρόταση αυτή τη στήριζε στην ύπαρξη 3.000 τόνων αλεύρων, 3.500 τόνων σιταριού, 100 τόνων ζάχαρης, που θα παρείχαν επάρκεια ενός μηνός στο νησί. Επιπλέον η κυβέρνηση εξήγγειλε μέτρα για την ενίσχυση ορισμένων επαγγελμάτων που επλήγησαν άμεσα από τον πόλεμο, όπως αυτά των λιμενεργατών και των φορτοεκφορτωτών. Προβλεπόταν, επίσης, η αύξηση κατά 30% των κατώτατων ορίων των εργατικών ημερομισθίων με βάση αναφοράς τα όρια που ίσχυσαν στη συλλογική σύμβαση της 19^ης Αυγούστου 1938. Ο νόμος θα εφαρμοζόταν από την 1^η Ιουνίου 1941. Οι πολιτικές αυτές διαβεβαιώσεις αποκάλυπταν περισσότερο την αβεβαιότητα παρά αποτελούσαν μία συγκροτημένη αντίδραση  απέναντι στα σημάδια κοινωνικής αποσταθεροποίησης.

Στο διάγγελμα της 14^ης Μαΐου γινόταν επίκληση της αυτοθυσίας και της γενναιότητας του κρητικού λαού. Η σύμπραξη του αστικού πληθυσμού κρινόταν αναγκαία για την επιτυχία των αμυντικών μηχανισμών και την ενίσχυση της αποτρεπτικής τους ικανότητας. Με τη διαταγή της 4 ης Ιανουαρίου 1941 είχαν προσδιοριστεί οι όροι για τη συγκρότηση σώματος πολιτοφυλακής στα αστικά κέντρα από τη Στρατιωτική Διοίκηση Κρήτης. Προβλεπόταν η συγκρότηση δύναμης 3.050 οπλιτών και ο μελλοντικός εξοπλισμός τους με στρατιωτικό υλικό. Με νέα διαταγή η δύναμη περιορίστηκε στους 1.500 οπλίτες για όλο το νησί.[12] Το Γενικό Επιτελείο Στρατού στα τέλη Ιανουαρίου 1941 προσδιόριζε ότι για τον εξοπλισμό του σώματος απαιτούνταν 10.500 όπλα, 100 φυσίγγια για κάθε όπλο, 350-375 οπλοπολυβόλα και 50-60 πολυβόλα με τα ανάλογα πολεμοφόδια.[13] Όμως, παρά τις παραπάνω διαταγές και την απόφαση των συμμαχικών δυνάμεων να κρατηθεί το νησί, η κυβέρνηση δεν προχώρησε στην έγκαιρη υλοποίηση του σχεδίου συγκρότησης πολιτοφυλακής. Στις 13 Μαΐου ο Δημητρακάκης επανέλαβε στους αστικούς πληθυσμούς τη δέσμευση της κυβέρνησης για σύσταση και εξοπλισμό του σώματος πολιτοφυλακής, το οποίο θα χρησίμευε στην απόκρουση ενδεχόμενης καθόδου αλεξιπτωτιστών. Στις 18 Μαΐου εξεδόθη διαταγή για την αντικατάσταση οπλισμού Μάλχινερ και Μάουζερ των ταγμάτων με βρετανικό οπλισμό. Τα όπλα που θα αντικαθίσταντο θα δίδονταν στο σώμα πολιτοφυλακής. Οι αποφάσεις αυτές δεν υλοποιήθηκαν στο μέχρι την 20η Μαΐου διάστημα.

Παρά την έλλειψη οπλισμού και στρατιωτικής προετοιμασίας ο πληθυσμός του νησιού πρόβαλλε σθεναρή αντίσταση στα πεδία των μαχών, συνεπικουρώντας τις στρατιωτικές δυνάμεις. Εκεί, την ώρα της μάχης, θα συγκροτηθούν ένοπλα σώματα πολιτών με ιδιωτικό οπλισμό και όπλα από τις βρετανικές αποθήκες. Περίπου 6.000 εθελοντών κατοίκων θα προστρέξουν στα πεδία ρίψης των αλεξιπτωτιστών. Μία αντίσταση που θα πληρωθεί με αίμα τόσο στα πεδία μαχών όσο και μετά την τελική επικράτηση του εχθρού.[14]

Η από αέρος εισβολή των γερμανικών δυνάμεων ακύρωσε την υπεροχή των βρετανικών ναυτικών δυνάμεων και βρήκε απροετοίμαστους τους αμυντικούς μηχανισμούς, που δεν κατάφεραν να αποτρέψουν τη ρίψη αλεξιπτωτιστών. Χωρίς αεροπορική κάλυψη -τα αεροσκάφη της βρετανικής βασιλικής αεροπορίας (R.A.F). είχαν εγκαταλείψει το νησί- και παρά τον αρχικό αιφνιδιασμό μπροστά στο καινοφανές θέαμα των αλεξιπτωτιστών, η αντίσταση ήταν σθεναρή όσο άντεχε η άμυνα του νησιού. Η παρουσία στη μάχη του πληθυσμού αποτέλεσε έναν μη προβλέψιμο ανασχετικό παράγοντα της γερμανικής προέλασης, πράγμα το οποίο τρομοκράτησε τη γερμανική διοίκηση που έκανε λόγο για «πόλεμο αγρίων και ανθρωποφάγων».[15] Το μέγεθος της αναστάτωσης των γερμανικών επιτελείων αντανακλάται και στην έκκληση του κατοχικού πρωθυπουργού Γεώργιου Τσολάκογλου προς τους κρητικούς για καλύτερη μεταχείριση των αιχμαλώτων.[16] Η ανώτατη Διοίκηση του Γερμανικού Στρατού ανέφερε ότι ο πληθυσμός πολέμησε στο πλευρό των συμμαχικών δυνάμεων «εν μέρει με πολιτικάς ενδυμασίας, και εν μέρει με στολάς Γερμανών αλεξιπτωτιστών». Η αντίσταση του πληθυσμού ανάγκασε τη γερμανική διοίκηση να εκδώσει διαταγή με την οποία απειλούσε με πυρπολήσεις χωριών και εκτελέσεις, απειλή που θα πραγματοποιηθεί στο μετά τη μάχη διάστημα.[17] Μετά την κατάληψη των στρατιωτικών στόχων και την πτώση των αστικών κέντρων άρχισε η εκτέλεση του σχεδίου εκκένωσης του νησιού από τις ελληνικές και συμμαχικές δυνάμεις.[18] Σε επιστολή του ο πρωθυπουργός από την Αίγυπτο -Βασιλιάς και πρωθυπουργός για λόγους ασφαλείας είχαν μεταβεί στην Αίγυπτο στις 23 Μαΐου- προς τον Έλληνα πρεσβευτή στο Λονδίνο στις 28 Μαΐου, ανέφερε ότι φοβόταν πως «η εκκένωσις της νήσου θα είναι δυσχερεστάτη, ίσως δε και αδύνατος, τούτο δε ελλείψει προπαντός αεροπορίας, η οποία καθιστά περιωρισμένην δράσιν ναυτικού».[19] Παρά, όμως, τις δυσχέρειες του εγχειρήματος στο διάστημα 30-31 Μαΐου αποχώρησαν από τα νότια παράλια περίπου 13.000 άνδρες. Την 31^η Μαΐου τα γερμανικά τμήματα του 100 Ορεινού Συντάγματος προσέβαλαν την ακτή των Σφακίων και ανάγκασαν σε παράδοση τις εκεί δυνάμεις. Η νότια παραλία της Κρήτης κηρύχτηκε από τους Γερμανούς απαγορευμένη ζώνη.

Την επαύριο της Μάχης της Κρήτης τα συμπτώματα της κατοχής, που ήδη ήταν υπαρκτά στην ηπειρωτική Ελλάδα, έκαναν την εμφάνισή τους στο νησί σε ηπιότερη μορφή. Μέσα στον Ιούνιο έγιναν οι αναγκαίες για τις κατοχικές δυνάμεις μεταβολές στους διοικητικούς μηχανισμούς και στις υπηρεσίες ασφαλείας. Οι κατοχικές αρχές του νησιού ανέλαβαν την ευθύνη της εδραίωσης της τάξης και της υπό κρατικό έλεγχο εξασφάλισης της απρόσκοπτης λειτουργίας των μηχανισμών αγοράς. Για το σκοπό αυτό η Γερμανική Στρατιωτική Διοίκηση απαίτησε την καταγραφή όλων των εμπορικών καταστημάτων και τη σύνταξη καταλόγων με το είδος και την ποσότητα του εμπορεύματος.[20] Η εξομάλυνση, όμως, της αγοράς δεν θα μπορούσε να επιτευχθεί αν πρώτα δεν εξαλείφονταν τα δίκτυα της παράλληλης αγοράς, της «μαύρης αγοράς». Η κατοχική εφημερίδα «Παρατηρητής» Χανίων από τα πρώτα φύλλα της μέσα στο Νοέμβριο του 1941 περιγράφει τους μηχανισμούς της «μαύρης αγοράς» και τις προσπάθειες των πολιτικοστρατιωτικών αρχών να την περιορίσουν με κάθε τρόπο. Δυσεύρετα θα γίνουν το κρέας και το τυρί, ενώ μεγάλες ποσότητες ελαιολάδου έφταναν στην αγορά ανατιμημένες. Το πρόβλημα ήταν τόσο μεγάλο που το Δεκέμβριο του 1941 οι γερμανοί στρατιώτες διατάχτηκαν να διεξάγουν έρευνες σε οικίες και καταστήματα προς εξεύρεση τροφίμων. Κατά τη διάρκεια της κατοχής η εγγύτητα των αστικών κέντρων του νησιού με τους τόπους παραγωγής θα αμβλύνει τις επισιτιστικές δυσχέρειες των αστικών πληθυσμών της Κρήτης. Η Μάχη της Κρήτης είχε τελειώσει άρχιζε τώρα ο αγώνας της επιβίωσης, αλλά και της αντίστασης.[21]