Παρά τις επιφυλάξεις για το ρόλο της Κρήτης στο σχέδιο περιφερειακής στρατηγικής των γερμανικών επιτελείων, ο Χίτλερ με την οδηγία 28 της 25ης Απριλίου 1941 έθεσε ως στόχο της Βέρμαχτ την κατάληψη του νησιού. Είχε προηγηθεί η υπογραφή της συνθήκης παράδοσης της Ελλάδας από τον αντιστράτηγο Τσολάκογλου στις 20 Απριλίου 1941 που σήμανε και τον οριστικό τερματισμό της τακτικής αντίστασης του ελληνικού στρατού στον ηπειρωτικό χώρο. Ως τελευταίο πεδίο αντίστασής του έμενε ο νησιωτικός χώρος. Στην Κρήτη θα γραφόταν ο επίλογος των μαχών εναντίον της γερμανικής πολεμικής μηχανής στον ελλαδικό χώρο και τα Βαλκάνια, αλλά συνάμα και το προοίμιο της αντίστασης απέναντι στον κατακτητή μέσα από τις στάχτες της ήττας. Δεν ήταν μόνο οι τακτικές συμμαχικές δυνάμεις και τα τμήματα του ελληνικού στρατού που θα επωμίζονταν την υπεράσπιση της νήσου. Στα πεδία των μαχών ένας σημαντικός αριθμός πολιτών πλαισίωσε τις τακτικές στρατιωτικές δυνάμεις, ενισχύοντας τις αμυντικές γραμμές κατά του εισβολέα. Δόθηκε έτσι το έναυσμα της γενικευμένης αντίστασης ακόμη και μετά την πτώση των αστικών κέντρων του νησιού.
Την ίδια περίοδο που οι Γερμανοί συγκέντρωναν τα τάγματα αλεξιπτωτιστών στην Αττική, ο διοικητής της Νεοζηλανδικής Μεραρχίας υποστράτηγος Bernand Freyberg διαπίστωνε στην Κρήτη την ανεπάρκεια των δυνάμεων για την αποτροπή της επίθεσης και ζητούσε ενισχύσεις σε ναυτικό και αεροπορία από το Στρατηγείο της Μέσης Ανατολής. Ήδη από τις 6 Μαΐου υπήρχε ενημέρωση των συμμάχων για τη σχεδιαζόμενη επίθεση από υποκλοπές σημάτων της κατασκοπείας. Μέχρι όμως και την ημέρα έναρξης της επιχείρησης «Ερμής» η άμυνα του νησιού δεν θα έχει ενισχυθεί σημαντικά.
Λίγες ημέρες πριν την είσοδο των γερμανικών δυνάμεων στην Αθήνα, η ελληνική κυβέρνηση με επικεφαλής το βασιλιά Γεώργιο και τον πρωθυπουργό Εμμανουήλ Τσουδερό κατέφυγε στην Κρήτη για να οργανώσει την προσπάθεια αντίστασης με τις εκεί διαθέσιμες δυνάμεις. Στο στρατιωτικό πεδίο επιχειρήθηκε, η ταχεία ανασύνταξη των στρατιωτικών ταγμάτων στους τρεις νομούς, Χανίων, Ρεθύμνου και Ηρακλείου. Η συνολική δύναμη των εμπέδων Ταγμάτων την 20η Μαΐου 1941 ανερχόταν σε 1900 οπλίτες και 70 Αξιωματικούς με κύριο οπλισμό τυφέκια Γκρα , Μάλχινερ και Μάουζερ, 31 οπλοπολυβόλα και 8 πολυβόλα συνολικά. Παράλληλα συγκροτήθηκαν 8 Συντάγματα Πεζικού με οπλίτες των κέντρων εκπαιδεύσεων της Πελοποννήσου, που είχαν αποβιβαστεί στο νησί στα τέλη Απριλίου, συνολικής δύναμης περίπου 800 οπλιτών και 222 Αξιωματικών. Όμως, η V Μεραρχία Κρήτης δεν είχε καταφέρει έστω και αποδεκατισμένη να επανακάμψει στο νησί.[1] Οι στρατιώτες της παρέμειναν εγκλωβισμένοι στην Αθήνα και σε άλλα μέρη ανήμποροι να πλεύσουν στην Κρήτη. Πάνω στο νησί βρίσκονταν 28000 στρατιώτες των συμμαχικών δυνάμεων -κυρίως Αυστραλοί και Νεοζηλανδοί-, καθώς και 14000 σε κακή κατάσταση Έλληνες στρατιώτες.
Στο διάγγελμα του Τσουδερού στις 14 Μαΐου 1941 γινόταν επίκληση της αυτοθυσίας και της γενναιότητας του κρητικού λαού. Η σύμπραξη του αστικού πληθυσμού κρινόταν αναγκαία για την επιτυχία των αμυντικών μηχανισμών και την ενίσχυση της αποτρεπτικής τους ικανότητας. Με προηγούμενη διαταγή της 4ης Ιανουαρίου 1941 είχαν προσδιοριστεί οι όροι για τη συγκρότηση σώματος Πολιτοφυλακής στα αστικά κέντρα από τη Στρατιωτική Διοίκηση Κρήτης. Προβλεπόταν η συγκρότηση δύναμης 3050 οπλιτών και ο μελλοντικός εξοπλισμός τους με στρατιωτικό υλικό. Με νέα διαταγή η δύναμη περιορίστηκε στους 1500 οπλίτες για όλο το νησί. Το Γενικό Επιτελείο Στρατού στα τέλη Ιανουαρίου 1941 προσδιόριζε ότι για τον εξοπλισμό του σώματος απαιτούνταν 10500 όπλα, 100 φυσίγγια για κάθε όπλο, 350-375 οπλοπολυβόλα και 50-60 πολυβόλα με τα ανάλογα πολεμοφόδια. Όμως, παρά τις παραπάνω διαταγές και την απόφαση των συμμαχικών δυνάμεων να κρατηθεί το νησί, η κυβέρνηση δεν προχώρησε στην έγκαιρη υλοποίηση του σχεδίου συγκρότησης των μονάδων πολιτοφυλακής.
Με μια λιτή ανακοίνωση του Αρχηγείου των γερμανικών ενόπλων δυνάμεων της 20ης Μαΐου 1941 στον προπαγανδιστικό τύπο της Αθήνας έγινε γνωστή η έναρξη της επίθεσης: «Σχηματισμοί γερμανικών Στούκας εβομβάρδισαν, υπό την προστασίαν καταδιωκτικών, σκάφη εις τον κόλπον της Σούδας και αεροδρόμια επί της νήσου Κρήτης».[2] Τις επόμενες μέρες η γερμανική προπαγάνδα θα είναι ιδιαίτερα προσεκτική στις ανακοινώσεις και τις πληροφορίες από τις μάχες που θα διέρρεε στο ελεγχόμενο απ’ αυτήν τύπο της πρωτεύουσας. Πληροφορίες για την εξέλιξη των μαχών δε θα δίνει πέρα από τη γενική περιγραφή της νέας πολεμικής τακτικής της από αέρος κατάληψης του νησιού με ρίψη αλεξιπτωτιστών. «Η κατάληψις της Κρήτης θα απεδείκνυεν επί πλέον ότι η κυριαρχία της θαλάσσης δεν είνε απολύτως αναγκαία διά μίαν επιτυχή αποβατικήν επιχείρησιν και ότι αρκεί προς τούτο η κυριαρχία του αέρος».[3] Ήταν προφανής σε πολλούς η αγωνία για την εξέλιξη αυτής της τακτικής των Ναζί, αφού μια επιτυχής εφαρμογή της θα την καθιστούσε ενδεχομένως κύρια μορφή επίθεσης εναντίον της Αγγλίας. Όπως και να γίνει όμως και η Μάχη της Αγγλίας είχε κριθεί υπέρ των Άγγλων και πότε ξανά κανένας αλεξιπτωτιστής δεν θα έπεφτε από αεροσκάφος της Λούφτβάφε. Ήταν τόσες οι απώλειες τους στην Κρήτη που εγκαταλείφτηκαν άμεσα τα σχέδια για χρήση αλεξιπτωτιστών σε άλλα μέρη…
Οι τραγικές ελλείψεις σε όπλα και στρατιωτικό υλικό και κατά συνέπεια η υποτυπώδης κατάρτιση των ενόπλων πολιτών καθιστούσαν την εμπλοκή τους περιθωριακή, αλλά ιδιαίτερα επικίνδυνη για το στρατό εισβολής. Την ώρα της μάχης θα συγκροτηθούν ένοπλα σώματα πολιτών με ιδιωτικό οπλισμό και όπλα από τις βρεττανικές αποθήκες. Περίπου 6000 εθελοντών κατοίκων θα προστρέξουν στα πεδία ρίψης των αλεξιπτωτιστών. Οι νεκροί ανάμεσά τους ανήλθαν στους 600. Η Αυτοκρατορία έχασε περίπου 4000 άνδρες. Περίπου 5000 αλεξιπτωτιστές και 1000 αλπινιστές τέθηκαν εκτός μάχης, νεκροί και τραυματίες. Μετά από ένα δεκαήμερο σκληρών μαχών οι πόλεις της Κρήτης και το μεγαλύτερο μέρος της υπαίθρου της ήταν στα χέρια του εχθρού. Τουλάχιστον 200 Κρήτες εκτελέστηκαν μέσα σε έξι μέρες, ως αντίποινα για τη συμμετοχή του άμαχου πληθυσμού στη μάχη.
Οι απλοί κάτοικοι του νησιού, με όποιο τρόπο και με όποια μέσα βρέθηκαν στα πεδία των μαχών, θα αντισταθούν σε τέτοιο βαθμό απέναντι στους Ναζί που η γερμανική προπαγάνδα να κάνει λόγο για «ανθρωποσφαγή» των στρατιωτών της.[4] Έκπληκτοι σ’ αυτό που αντίκριζαν στα πεδία των μαχών, επικαλούνταν την «κακή» κατ’ αυτούς μεταχείριση των αιχμαλώτων τους, χωρίς αποτελέσματα. Στην προτροπή του δοσίλογου πρωθυπουργού Τσολάκογλου «Κρήτες[…] σταματήσατε!», οι Κρητικοί έδωσαν με αυτοθυσία έναν ηρωικό και άνισο αγώνα απέναντι στις δυνάμεις του ολοκληρωτισμού. Αγώνας, όμως, που τελικά κερδήθηκε λίγα χρόνια αργότερα.
