Σημαντικά προβλήματα συνεχίζουν καταγράφονται μετά την αλλαγή αναδόχου στο έργο μεταφοράς των μαθητών.Σύμφωνα με νέα καταγγελία της προέδρου του του Συλλόγου Γονέων & Κηδεμόνων Ε.Ε.Ε.ΕΚ. Ρεθύμνου Αργυρώς Πισκοπάκη την Δευτέρα 03/02/2025 κατά την μεσημεριανή αποχώρηση των παιδιών από το σχολείο προς το σπίτι τους, ένα από τα βανάκια του νέου ανάδοχου που μεταφέρει τα παιδιά του Ατσιποπούλου, ξέχασε δυο παιδιά και ξεκίνησε το δρομολόγιο χωρίς αυτά.
Σύμφωνα με την κα Πισκοπάκη, «καθημερινά πριν τη μεταφορά των παιδιών από το ΕΕΕΕΚ προηγείται μια συνεννόηση μεταξύ του σχολείου και του βαν ή του λεωφορείου προτού τα παιδιά βγουν στο προαύλιο. Ωστόσο, πάρα την συνεννόηση που προηγήθηκε ο οδηγός ξεκίνησε χωρίς τα δύο παιδιά.
Το προσωπικό του σχολείου επικοινώνησε άμεσα με το σχολικό ζητώντας του να επιστρέψει να παραλάβει τα παιδιά που ξέχασε.
Ωστόσο όπως η πρόεδρος του Συλλόγου Γονέων & Κηδεμόνων Ε.Ε.Ε.ΕΚ υπογράμμισε «Το αποτέλεσμα αυτής της 15λεπτης αναμονής μέχρι την επιστροφή του σχολικού για την παραλαβή των παιδιών είχε τις παρακάτω συνέπειες: Τα παιδιά που βρίσκονται στο φάσμα του αυτισμού, διαπιστώνοντας ότι έφυγε το βανάκι χωρίς να τα πάρει έπαθαν κρίση. Το ένα παιδί εξέφρασε ενοχή ότι ευθύνεται αυτό και το 2ο παιδί έπαθε κρίση άγχους, με αποτέλεσμα τον αυτοτραυματισμό του. Μάλιστα ξεκίνησε να χτυπάει και τον καθηγητή που το συνόδευε ο οποίος είναι και ο Υποδιευθυντής του σχολείου μας. Στην προσπάθεια των εκπαιδευτικών και του προσωπικού να ηρεμήσουν και να καθησυχάσουν τα παιδιά μέχρι να έρθει το βανάκι τα παιδιά που βρισκόταν στον εξωτερικό χώρο του σχολείου ήταν εκτεθειμένα στα αδιάκριτα βλέμματα οδηγών, συνοδών, γονέων και παιδιών των όμορων σχολικών μονάδων σε μια δύσκολη κατάσταση γι αυτά που δεν έφεραν και την ευθύνη.»