Η Αγιά, στο 33ο χλμ. από το Ρέθυμνο, σε υψόμ. 180 μ., στις νότιες υπώρειες του Κουλούκωνα και ακριβώς στη βάση του κωνοειδούς βουνού Διοματάς, είχε πάντα ασφάλεια από τον βορρά και εύκολη πρόσβαση προς τις κορυφές των υψωμάτων, είτε για προσευχή στον Τίμιο Σταυρό του Κουλούκωνα, είτε για θέα προς τον Μυλοπόταμο, από την κορυφή του Διοματά, με τα πολλά σπήλαια και τον σταυρό στην κορυφή, που αντικαταστάθηκε στις 24 Μαΐου 2020.
Από την ίδρυσή της, κατά τη β’ βυζαντινή περίοδο (961 – 1204), η Αγιά στερούνταν το νερό και είναι άγνωστο πώς οι πρώτοι κάτοικοι επέλεξαν τον χώρο, αφού δεν διέθετε αυτό το πολύτιμο αγαθό! Το μαρτύριο τους κράτησε έως τη σύγχρονη εποχή… Από τις αρχές της δεκαετίας του 1980, με τις πρώτες πετυχημένες γεωτρήσεις, νοτιοανατολικά και δυτικά του χωριού, λύθηκε οριστικά το πρόβλημα ύδρευσης και άρδευσής του…
Η Αγιά απαντά σε όλες τις γνωστές περιγραφές, απογραφές και καταγραφές από την περίοδο της βενετοκρατίας μέχρι σήμερα. Μια πρώτη εικόνα του οικισμού και του γειτονικού Μελιδονίου, πολύ νωρίτερα από τα άλλα χωριά του Μυλοποτάμου, δίνουν δύο έγγραφα από το Μουσείο Κορέρ της Βενετίας, που παραπέμπουν, όμως, και στην καθημερινή ζωή σχεδόν όλων των οικισμών της Κρήτης. Τα έγγραφα χρονολογούνται από το 1549 το πρώτο και από το 1562 το δεύτερο. Είναι οι πρώτες γνωστές μαρτυρίες για την ιστορία της Αγιάς, από την περίοδο της βενετοκρατίας. Στο πρώτο έγγραφο περιλαμβάνεται μια πλήρης καταγραφή των κατοίκων, των σπιτιών και της ετήσιας παραγωγής σιτηρών και κρασιού και στα δύο χωριά και στο δεύτερο έγγραφο μια λεπτομερής καταγραφή των δέντρων του. Τότε το Μελιδόνι και η Αγιά ανήκαν σε φεουδάρχες. Η Αγιά διέθετε 33 σπίτια, με 84 δωμάτια και 15 παράθυρα. Ο μικρός αριθμός ανοιγμάτων είχε το σκοπό του! Ο φόρος ήταν ανάλογος με τις εξωτερικές και εσωτερικές πόρτες που διέθετε κάθε σπίτι. Τα έσοδα των κατοίκων ήταν περισσότερα από τα δέντρα παρά από τη σιτοκαλλιέργεια. Η Αγιά διέθετε υπερδιπλάσιο αριθμό δέντρων από εκείνο του Μελιδονίου. Όμως ελάχιστα βελτιωνόταν το κατά κεφαλή εισόδημα των κατοίκων και των δύο χωριών από τις δύο παραπάνω πηγές: τη σιτοκαλλιέργεια και την δεντροκαλλιέργεια. Τα κέρδη από τη συστηματική αμπελοκαλλιέργεια ήταν αναμφισβήτητα πολύ μεγαλύτερα από τα κέρδη κάθε άλλης καλλιέργειας, και όμως οι κάτοικοι την απέφευγαν εξαιτίας, των σκληρών όρων που επέβαλαν σ’ αυτούς οι φεουδάρχες. Τελικά, το μόνο σημαντικό, μέσα στην ασημαντότητα των εσόδων των κατοίκων της Αγιάς και του Μελιδονίου, παρέμενε το σιτάρι που, όπως φαίνεται, αρκούσε μόλις και με τα βίας για την επιβίωσή τους. Και δεν ήταν τότε πολύ διαφορετική η κατάσταση στα περισσότερα χωριά της Κρήτης. Η εικόνα, γενικά, παρέμενε η ίδια παντού.
Το όνομα του χωριού είναι αγιωνυμικό, πιθανότητα από την Αγία Αναστασία τη Φαρμακολύτρια, στην θέση παλαιότερου ναού. Η γραφή Αγυιά (= η οδός, η λεωφόρος, άθροισμα οδών, δηλαδή πόλις) δεν πείθει στην περίπτωση της Αγιάς. Πάντα η πολεοδομική οργάνωση του οικισμού διακρίνονταν στο κυρίως χωριό, την Αγιά, και το Μετόχι Αγιάς. Αυτή η εικόνα διατηρείται μέχρι σήμερα. Οι περισσότεροι κάτοικοι ονομάζουν τους δύο συνοικισμούς: πέρα και πώδε (από εκεί και από εδώ) Μετόχι. Το πώδε Μετόχι φαίνεται παλαιότερο. Σ’ αυτό το Μετόχι υπάρχει και ο μονόχωρος ναός της Αγίας Αναστασίας, ο οποίος ανακαινίστηκε το 1878, σύμφωνα με επιγραφή που διασώζει. Ο δεύτερος, δίκλιτος ναός, αφιερωμένος στον Άγιο Νικόλαο και στην Κοίμηση της Θεοτόκου, ανακαινίστηκε το 1922. Στο παράθυρο του ιερού του νοτίου κλίτους του, που προέρχεται πιθανότατα, από παλαιότερο ναό, έχει χαραχτεί η χρονολογία 12 Σεπτεμβρίου 1875. Ο ναός αυτός βρίσκεται στο πέρα Μετόχι. Στην ίδια ενορία υπάγονται και τα Εξωκλήσια: Άγιος Φώτιος και Ανίκητος, από τους 12 Μάρτυρες της Κρήτης, μονόχωρος ναός, με τοιχογραφίες που χρονολογούνται στον 14ο αιώνα. Εκεί κοντά υπήρχε Μετόχι του Παναγίου Τάφου. Στην Ενορία ανήκουν και τα Εξωκλήσια: Άγιος Κωνσταντίνος και Ελένη και Προφήτης Ηλίας.
Μοναδικό παρεκκλήσι, ίσως λόγω του μικρού μεγέθους του ( ; ) είναι η Άγια Αναστασία η Φαρμακολύτρια. Δεν γνωρίζουμε πώς καθιερώθηκε αυτός ο ναός στην μνήμη της, 22 Δεκεμβρίου. Γνωρίζουμε, όμως, ότι η Αναστασία έχει την καταγωγή από τη Ρώμη. Γεννήθηκε τον 3ο μ.Χ. αιώνα και ήταν κόρη αρχοντικής οικογένειας, με πατέρα ειδωλολάτρη και μητέρα Χριστιανή! Η μητέρα φρόντισε την ανατροφή της, οδηγώντας την κοντά στο Χριστιανό δάσκαλο Χρυσόγονο. Μετά το θάνατο της μητέρας της και αφού η Αναστασία έφθασε σε ώριμη ηλικία, ο πατέρα της την πίεσε να παντρευτεί τον Ρωμαίο εθνικό Πόπλιο, αλλά εκείνη τον απέφευγε, προφασιζόμενη κάποια νόσο, όπως αναφέρεται στο συναξάριό της. Ο αιφνίδιος θάνατός του της έδωσε τη δυνατότητα να εκπληρώσει ελεύθερα τις χριστιανικές υποχρεώσεις της. Κυρίως ενίσχυε και ενθάρρυνε τους φυλακισμένους. Έγινε η αλείπτριά τους, δηλαδή η προπονήτρια πολλών μαρτύρων…
Στο έργο της αυτό δεν περιορίστηκε μόνο στη Ρώμη, αλλά έφθασε έως την Ανατολή, τη Νικομήδεια της Μικράς Ασίας, αφού διέτρεξε το Ιλλυρικό και τη Μακεδονία. Ιδιαίτερα έδρασε στη Θεσσαλονίκη. Σε μικρογραφία του Μηνολογίου του Βασιλείου Β΄, οι Αγίες Αγάπη, Χιονία και Ειρήνη, από τη Θεσσαλονίκη, που υπήρξαν μαθήτριες της, μαρτύρησαν, επί Διοκλητιανού, στην περιοχή Ξηροκρήνης.
Η άκαμπτη και ανυποχώρητή Αναστασία, τελικά, δέθηκε σε πασσάλους και δεμένη όπως ήταν παραδόθηκε στη φωτιά στις 22 Δεκεμβρίου του 303 ή 304 μ.Χ. στη Θεσσαλονίκη. Άλλες πηγές αναφέρουν ως τόπο του μαρτυρίου της το Σίρμιο, πρωτεύουσα του Ιλλυρικού επί Δομιτιανού, ή τη Ρώμη ( ; ). Ιδιαίτερα τιμούσαν την Αγία στη Μ. Ασία… Από το 1922, οι πρόσφυγες έφεραν τη λατρεία της και στην Ελλάδα… Το προσωνύμιό της σημαίνει πως δίδει φάρμακα και θεραπεύει σωματικές και ψυχικές ασθένειες αλλά και ότι λύει τις φαρμακείες, δηλαδή τα μάγια…
(βλ. και Αλεξ. Παπαδιαμάντης, Διηγήματα, Η Φαρμακολύτρια και Μιχάλης Τρούλης, Ο Μυλοπόταμος του Ρεθύμνου, σ. 47 & εξής).
